Anaerob baktériumok epidemiológiája cisztás fibrózisos betegekben: leíró és nem beavatkozási vizsgálat (ANA-MUCO)

A cisztás fibrózis (CF) egy halálos genetikai betegség, amelynek prognózisa a betegek légzési károsodásától függ. Valójában a légutak mikrobiális krónikus kolonizációja, különösen a Pseudomonas aeruginosa esetében, fertőző exacerbációkhoz és figyelemre méltó légzési funkció-károsodáshoz vezet, és a morbiditás és mortalitás fő oka. Napjainkban az antibiotikum-terápia a fő terápiás megoldás a baktériumok fejlődésének megakadályozására és a légzésfunkció leépülésének lassítására. A betegség progressziója során azonban ezt a terápiás megközelítést korlátozza a baktériumok akkomodációja és az antibiotikum-rezisztencia kialakulása.

A nagy áteresztőképességű szekvenálási módszerek kifejlesztésének köszönhetően a CF-es betegek légúti mikrobiotáját főként leírták, és utat mutatnak az új terápiás megközelítések felé. Megállapítást nyert, hogy i) korai életkortól kezdve a CF-es gyermekek légúti mikrobiotája módosul az egészséges gyermekekéhez képest, ii) a bakteriális diverzitás a betegség fejlődése során fokozatosan csökken, iii) az anaerobok az egészségesek fontos részét képezik. és a CF légúti mikrobióta. Így a tüdő mikrobiota összetétele jobb a betegség progressziójának indikátora, mint a P. aeruginosa egyetlen kimutatása CF légúti mintákban. Ezenkívül a légúti mikrobiota befolyásolhatja a patogenezist a mikroorganizmus/mikroorganizmus vagy a mikroorganizmus/gazdaszervezet közötti közvetlen kölcsönhatásokon keresztül. A közelmúltban egy CF-betegek csoportjának légúti mikrobióta jellemzésének (MUCOBIOME tanulmány, 2012-2015) köszönhetően az anaerobok (és különösen a Porphyromonas nemzetségbe tartozó fajok) potenciális szerepe került előtérbe a P. aeruginosa első kolonizációjában. Valójában a 34 CF-beteg légzőszervi mikrobiota vizsgálata feltárta, hogy ha a betegeket megfosztják a Porphyromonas spp. vagy gyengén kolonizálják, a P. aeruginosa megtelepedésének relatív kockázata 3,7-szer nagyobb. Ezzel szemben a Porphyromonas spp. relatív abundanciájának növekedése. az Ivacaftor-kezelésben részesülő CF-es betegekben a légzésfunkció javulásával korrelál. Így amellett, hogy biomarkerként használják, a kutatók arra a tényre gondolnak, hogy egyes szigorú anaerob fajok, mint például a Porphyromonas spp., a CF-kórokozók (mint például a P. aeruginosa) versenytársaként működhetnek, és korlátozhatják a légutakban való megtelepedését.

A kutatók itt látják a kiegészítő vizsgálatok szükségességét a légutakban élő anaerob baktériumok jobb jellemzése érdekében. Az ANA-MUCO vizsgálat célja egy CF-beteg kohorsz köpetében lévő anaerob baktériumok azonosítása és leírása, az izolált anaerob fajok antibiotikum rezisztencia profiljának jellemzése, a CF populáción belüli anaerobok megoszlásának tanulmányozása és a kölcsönhatások értékelése. az anaerobok és a CF kórokozók között (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). Annak érdekében, hogy az anaerobok leírása a lehető legkimerítőbb legyen, ennek a tanulmánynak az innovatív aspektusa egy olyan speciális mintakészlet megalkotása és alkalmazása, amely megőrzi a köpet anaerob körülményeit a Nemzetközi Humán Mikrobióma Szabványok (IHMS) ajánlásai szerint. . Ezután kiterjesztett tenyésztési és molekuláris megközelítéseket hajtanak végre az anaerob baktériumok azonosítására, amelyek részt vehetnek a tüdő homeosztázisában CF légúti mintákban.