Épidémiologie des bactéries anaérobies chez les patients atteints de mucoviscidose : étude descriptive et non interventionnelle (ANA-MUCO)

La fibrose kystique (FK) est une maladie génétique mortelle dont le pronostic dépend de l'insuffisance respiratoire des patients. En effet, la colonisation microbienne chronique des voies respiratoires, notamment par Pseudomonas aeruginosa, entraîne des exacerbations infectieuses et une altération notable de la fonction respiratoire et représente la principale cause de morbi-mortalité. De nos jours, l'antibiothérapie est la principale solution thérapeutique pour contrecarrer le développement bactérien et ralentir la dégradation de la fonction respiratoire. Cependant, au cours de la progression de la maladie, cette approche thérapeutique est limitée par l'accommodation des bactéries et le développement de la résistance aux antibiotiques.

Grâce au développement de méthodes de séquençage à haut débit, le microbiote respiratoire des patients atteints de mucoviscidose a été en grande partie décrit et ouvre la voie à de nouvelles approches thérapeutiques. Il a été établi que, i) dès le plus jeune âge, le microbiote respiratoire des enfants mucoviscidose est modifié par rapport à celui des enfants sains, ii) la diversité bactérienne diminue progressivement tout au long de l'évolution de la maladie, iii) les anaérobies représentent une part importante de la santé et le microbiote respiratoire CF. Ainsi, la composition du microbiote pulmonaire pourrait être un meilleur indicateur de progression de la maladie que la seule détection de P. aeruginosa dans les échantillons respiratoires de mucoviscidose. De plus, le microbiote respiratoire pourrait influencer la pathogenèse par des interactions directes micro-organisme/micro-organisme ou micro-organisme/hôte. Récemment, grâce à la caractérisation du microbiote respiratoire d'une cohorte de patients atteints de mucoviscidose (étude MUCOBIOME, 2012-2015), le rôle potentiel des anaérobies (et notamment des espèces appartenant au genre Porphyromonas) dans la première colonisation par P. aeruginosa a été mis en évidence. En effet, l'étude du microbiote respiratoire de 34 patients atteints de mucoviscidose a révélé que si les patients sont démunis ou faiblement colonisés par Porphyromonas spp., le risque relatif de colonisation par P. aeruginosa est 3,7 fois plus élevé. A l'inverse, l'augmentation de l'abondance relative de Porphyromonas spp. chez les patients atteints de mucoviscidose recevant un traitement par l'ivacaftor est corrélé à l'amélioration de la fonction respiratoire. Ainsi, en plus d'être utilisées comme biomarqueur, les chercheurs spéculent sur le fait que certaines espèces anaérobies strictes, comme Porphyromonas spp., pourraient agir comme compétiteurs des pathogènes de la mucoviscidose (comme P. aeruginosa) et limiter leur implantation dans les voies respiratoires.

Les chercheurs y voient la nécessité d'études complémentaires afin de mieux caractériser les bactéries anaérobies dans les voies respiratoires. L'étude ANA-MUCO a pour objectif d'identifier et de décrire les bactéries anaérobies dans les crachats d'une cohorte de patients mucoviscidose, de caractériser les profils d'antibiorésistance des espèces anaérobies isolées, d'étudier la répartition des anaérobies au sein de la population mucoviscidose et d'évaluer les interactions entre les anaérobies et les agents pathogènes de la mucoviscidose (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). Afin d'être le plus exhaustif possible dans la description des anaérobies, l'aspect innovant de cette étude est la conception et l'utilisation d'un kit de prélèvement spécifique qui préserve des conditions anaérobies dans les crachats selon les recommandations de l'International Human Microbiome Standards (IHMS) . Ensuite, des approches de culture étendue et moléculaire seront réalisées pour identifier les bactéries anaérobies qui pourraient être impliquées dans l'homéostasie pulmonaire dans des échantillons respiratoires de mucoviscidose.