Epidemiología de bacterias anaerobias en pacientes con fibrosis quística: estudio descriptivo y no intervencionista (ANA-MUCO)

La Fibrosis Quística (FQ) es una enfermedad genética letal cuyo pronóstico depende del deterioro respiratorio de los pacientes. De hecho, la colonización crónica microbiana de las vías respiratorias, en particular por Pseudomonas aeruginosa, conduce a exacerbaciones infecciosas y a un notable deterioro de la función respiratoria y representa la principal causa de morbilidad y mortalidad. Hoy en día, la antibioterapia es la principal solución terapéutica para impedir el desarrollo bacteriano y retardar la degradación de la función respiratoria. Sin embargo, durante la progresión de la enfermedad, este enfoque terapéutico está limitado por la acomodación de las bacterias y el desarrollo de resistencia a los antibióticos.

Gracias al desarrollo de métodos de secuenciación de alto rendimiento, la microbiota respiratoria de los pacientes con FQ se ha descrito principalmente y señala el camino hacia nuevos enfoques terapéuticos. Se ha establecido que, i) desde edades tempranas, la microbiota respiratoria de los niños con FQ se modifica en comparación con la de los niños sanos, ii) la diversidad bacteriana disminuye progresivamente a lo largo de la evolución de la enfermedad, iii) los anaerobios representan una parte importante de la población sana. y microbiota respiratoria de FQ. Por lo tanto, la composición de la microbiota pulmonar podría ser un mejor indicador de progresión de la enfermedad que la única detección de P. aeruginosa en muestras respiratorias de FQ. Además, la microbiota respiratoria podría influir en la patogenia a través de interacciones directas entre microorganismo/microorganismo o microorganismo/huésped. Recientemente, gracias a la caracterización de la microbiota respiratoria de una cohorte de pacientes con FQ (estudio MUCOBIOME, 2012-2015), se ha puesto de manifiesto el papel potencial de los anaerobios (y en particular de las especies pertenecientes al género Porphyromonas) en la primera colonización por P. aeruginosa. De hecho, el estudio de microbiota respiratoria de 34 pacientes con FQ ha revelado que si los pacientes están privados o poco colonizados por Porphyromonas spp., el riesgo relativo de colonización por P. aeruginosa es 3,7 veces mayor. Por el contrario, el aumento de la abundancia relativa de Porphyromonas spp. en pacientes con FQ que reciben tratamiento con ivacaftor se correlaciona con la mejora de la función respiratoria. Así, además de usarse como biomarcador, los investigadores especulan con el hecho de que algunas especies anaerobias estrictas, como Porphyromonas spp., podrían actuar como competidores de los patógenos de la FQ (como P. aeruginosa) y limitar su establecimiento en las vías respiratorias.

Los investigadores ven aquí la necesidad de estudios complementarios para caracterizar mejor las bacterias anaerobias en las vías respiratorias. El objetivo del estudio ANA-MUCO es identificar y describir las bacterias anaerobias en el esputo de una cohorte de pacientes con FQ, caracterizar los perfiles de resistencia a los antibióticos de las especies anaerobias aisladas, estudiar el reparto de anaerobios dentro de la población con FQ y evaluar las interacciones entre anaerobios y patógenos de FQ (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae,…). Con el fin de ser lo más exhaustivo posible en la descripción de los anaerobios, el aspecto innovador de este estudio es la concepción y el uso de un kit de muestra específico que preserva las condiciones anaeróbicas en el esputo de acuerdo con las recomendaciones de los International Human Microbiome Standards (IHMS) . Luego, se realizarán enfoques moleculares y de cultivo extendido para identificar las bacterias anaerobias que podrían estar involucradas en la homeostasis pulmonar en muestras respiratorias con FQ.