Epidemiologi av anaerobe bakterier hos pasienter med cystisk fibrose: beskrivende og ikke-intervensjonell studie (ANA-MUCO)

Cystisk fibrose (CF) er en dødelig genetisk sykdom hvis prognose avhenger av pasientens respirasjonssvikt. Faktisk fører den mikrobielle kroniske koloniseringen av luftveiene, spesielt til Pseudomonas aeruginosa, til infeksiøse forverringer og til bemerkelsesverdig svekkelse av respirasjonsfunksjonen og representerer hovedårsaken til sykelighet og dødelighet. I dag er antibiotika den viktigste terapeutiske løsningen for å hindre bakterieutvikling og bremse nedbrytning av respirasjonsfunksjonen. Men under sykdomsprogresjonen er denne terapeutiske tilnærmingen begrenset av bakterietilpasningen og utviklingen av antibiotikaresistens.

Takket være utviklingen av high-throughput sekvenseringsmetoder, har respirasjonsmikrobiotaen til CF-pasienter hovedsakelig blitt beskrevet og viser vei til nye terapeutiske tilnærminger. Det er fastslått at i) fra en tidlig alder er respirasjonsmikrobiotaen til CF-barn modifisert sammenlignet med de friske barna, ii) bakteriemangfoldet avtar progressivt gjennom sykdomsutviklingen, iii) anaerober representerer en viktig del av de friske. og CF respiratorisk mikrobiota. Således kan lungemikrobiotasammensetning være en bedre sykdomsprogresjonsindikator enn den eneste påvisningen av P. aeruginosa i CF-respirasjonsprøver. Videre kan respiratorisk mikrobiota påvirke patogenesen gjennom direkte interaksjoner mellom mikroorganisme/mikroorganisme eller mikroorganisme/vert. Nylig, takket være respiratorisk mikrobiotakarakterisering av en CF-pasients kohort (MUCOBIOME-studie, 2012-2015), har den potensielle rollen til anaerobe (og spesielt arter som tilhører slekten Porphyromonas) i den første P. aeruginosa-koloniseringen blitt fremhevet. Faktisk har respiratorisk mikrobiotastudie av 34 CF-pasienter avslørt at hvis pasienter er deprivert eller lavt kolonisert av Porphyromonas spp., er den relative risikoen for P. aeruginosa-kolonisering 3,7 ganger høyere. Motsatt øker den relative overflod av Porphyromonas spp. hos CF-pasienter som får Ivacaftor-behandling er korrelert med forbedring av respirasjonsfunksjonen. I tillegg til å bli brukt som biomarkør, spekulerer etterforskerne på det faktum at noen strenge anaerobe arter, som Porphyromonas spp., kan fungere som CF-patogener (som P. aeruginosa) konkurrenter og begrense deres oppsetting i luftveiene.

Etterforskerne ser her nødvendigheten av komplementære studier for bedre å kunne karakterisere anaerobe bakterier i luftveiene. Målet med ANA-MUCO-studien er å identifisere og beskrive anaerobe bakterier i sputum fra en CF-pasients kohort, å karakterisere antibiotikaresistensprofilene til de isolerte anaerobe artene, å studere den anaerobe fordeling i CF-populasjonen og å evaluere interaksjonene. mellom anaerobe og CF-patogener (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). For å være mest mulig uttømmende i beskrivelsen av anaerobe, er det innovative aspektet av denne studien unnfangelsen og bruken av et spesifikt prøvesett som bevarer anaerobe forhold i oppspytt i henhold til anbefalingene fra International Human Microbiome Standards (IHMS) . Deretter vil utvidet kultur og molekylære tilnærminger bli utført for å identifisere de anaerobe bakteriene som kan være involvert i lungehomeostasen i CF-respiratoriske prøver.