Epidemiologie anaerobních bakterií u pacientů s cystickou fibrózou: deskriptivní a neintervenční studie (ANA-MUCO)

Cystická fibróza (CF) je smrtelné genetické onemocnění, jehož prognóza závisí na respiračním postižení pacienta. Chronická mikrobiální kolonizace dýchacích cest, zejména Pseudomonas aeruginosa, skutečně vede k infekčním exacerbacím a k pozoruhodnému poškození respiračních funkcí a představuje hlavní příčinu morbidity a mortality. Antibioterapie je v dnešní době hlavním terapeutickým řešením, jak zpomalit vývoj bakterií a zpomalit degradaci respiračních funkcí. V průběhu progrese onemocnění je však tento terapeutický přístup omezen akomodací bakterií a rozvojem rezistence na antibiotika.

Díky rozvoji vysoce výkonných sekvenačních metod byla popsána především respirační mikrobiota pacientů s CF a ukazuje cestu k novým terapeutickým přístupům. Bylo zjištěno, že i) od raného věku je respirační mikrobiota dětí s CF ve srovnání se zdravými dětmi modifikována, ii) bakteriální diverzita se v průběhu vývoje onemocnění progresivně snižuje, iii) anaeroby představují důležitou součást zdravého organismu. a CF respirační mikrobiota. Složení plicní mikroflóry by tedy mohlo být lepším indikátorem progrese onemocnění než jediná detekce P. aeruginosa ve vzorcích dýchacích cest CF. Kromě toho by respirační mikroflóra mohla ovlivnit patogenezi prostřednictvím přímých interakcí mezi mikroorganismem/mikroorganismem nebo mikroorganismem/hostitelem. Nedávno byla díky charakterizaci respirační mikrobioty kohorty pacientů s CF (studie MUCOBIOME, 2012-2015) zdůrazněna potenciální role anaerobů (a zejména druhů patřících do rodu Porphyromonas) v první kolonizaci P. aeruginosa. Studie respirační mikroflóry u 34 pacientů s CF skutečně odhalila, že pokud jsou pacienti deprivovaní nebo málo kolonizovaní Porphyromonas spp., je relativní riziko kolonizace P. aeruginosa 3,7krát vyšší. Naopak relativní nárůst výskytu Porphyromonas spp. u pacientů s CF léčených ivakaftorem koreluje se zlepšením respiračních funkcí. Kromě použití jako biomarkeru tedy výzkumníci spekulují o skutečnosti, že některé striktně anaerobní druhy, jako je Porphyromonas spp., by mohly působit jako konkurenti CF patogenů (jako P. aeruginosa) a omezovat jejich usazování v dýchacích cestách.

Badatelé zde spatřují nezbytnost doplňkových studií, aby bylo možné lépe charakterizovat anaerobní bakterie v dýchacích cestách. Cílem studie ANA-MUCO je identifikovat a popsat anaerobní bakterie ve sputu kohorty pacientů s CF, charakterizovat profily antibiotické rezistence izolovaných anaerobních druhů, studovat přerozdělení anaerobů v populaci CF a vyhodnotit interakce mezi anaeroby a CF patogeny (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). Aby byl popis anaerobů co nejúplnější, inovativním aspektem této studie je koncepce a použití specifické sady vzorků, která zachovává anaerobní podmínky ve sputu podle doporučení Mezinárodních standardů lidských mikrobiomů (IHMS) . Poté budou provedeny rozšířené kultivační a molekulární přístupy k identifikaci anaerobních bakterií, které by se mohly podílet na plicní homeostáze v respiračních vzorcích CF.