Эпидемиология анаэробных бактерий у пациентов с муковисцидозом: описательное и неинтервенционное исследование (ANA-MUCO)

Кистозный фиброз (МВ) — летальное генетическое заболевание, прогноз которого зависит от нарушений дыхания у пациентов. Действительно, хроническая микробная колонизация дыхательных путей, особенно Pseudomonas aeruginosa, приводит к инфекционным обострениям и заметному нарушению функции дыхания и представляет собой основную причину заболеваемости и смертности. В настоящее время антибиотикотерапия является основным терапевтическим решением для предотвращения развития бактерий и замедления деградации дыхательной функции. Однако при прогрессировании заболевания этот терапевтический подход ограничивается аккомодацией бактерий и развитием резистентности к антибиотикам.

Благодаря развитию высокопроизводительных методов секвенирования респираторная микробиота больных муковисцидозом в основном описана и указывает путь к новым терапевтическим подходам. Установлено, что: i) с раннего возраста респираторная микробиота детей с муковисцидозом видоизменяется по сравнению со здоровыми детьми, ii) бактериальное разнообразие прогрессивно снижается на протяжении всей эволюции заболевания, iii) анаэробы составляют важную часть здоровых и респираторная микробиота при МВ. Таким образом, состав легочной микробиоты может быть лучшим индикатором прогрессирования заболевания, чем единственное обнаружение P. aeruginosa в образцах из дыхательных путей при муковисцидозе. Кроме того, респираторная микробиота может влиять на патогенез посредством прямого взаимодействия между микроорганизмом/микроорганизмом или микроорганизмом/хозяином. Недавно, благодаря характеристике респираторной микробиоты когорты пациентов с муковисцидозом (исследование MUCOBIOME, 2012-2015 гг.), была выделена потенциальная роль анаэробов (и особенно видов, принадлежащих к роду Porphyromonas) в первой колонизации P. aeruginosa. Действительно, исследование респираторной микробиоты 34 пациентов с муковисцидозом показало, что у пациентов, лишенных или слабо колонизированных Porphyromonas spp., относительный риск колонизации P. aeruginosa в 3,7 раза выше. И наоборот, увеличение относительной численности Porphyromonas spp. у больных МВ, получающих лечение Ивакафтором, коррелирует с улучшением функции внешнего дыхания. Таким образом, помимо использования в качестве биомаркера, исследователи предполагают, что некоторые строгие анаэробные виды, такие как Porphyromonas spp., могут выступать в качестве конкурентов патогенов муковисцидоза (таких как P. aeruginosa) и ограничивать их распространение в дыхательных путях.

Исследователи видят здесь необходимость дополнительных исследований, чтобы лучше охарактеризовать анаэробные бактерии в дыхательных путях. Целью исследования ANA-MUCO является идентификация и описание анаэробных бактерий в мокроте когорты пациентов с муковисцидозом, характеристика профилей устойчивости к антибиотикам изолированных анаэробных видов, изучение перераспределения анаэробов в популяции муковисцидоза и оценка взаимодействий между анаэробами и возбудителями муковисцидоза (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). Чтобы описание анаэробов было максимально исчерпывающим, инновационным аспектом этого исследования является концепция и использование специального набора для образцов, который сохраняет анаэробные условия в мокроте в соответствии с рекомендациями Международных стандартов микробиома человека (IHMS). . Затем будут применены расширенные культуральные и молекулярные подходы для выявления анаэробных бактерий, которые могут быть вовлечены в легочный гомеостаз в образцах из дыхательных путей при муковисцидозе.