Epidemiologie van anaërobe bacteriën bij patiënten met cystische fibrose: beschrijvend en niet-interventioneel onderzoek (ANA-MUCO)

Cystic Fibrosis (CF) is een dodelijke genetische ziekte waarvan de prognose afhangt van de ademhalingsstoornis van de patiënt. Inderdaad, de microbiële chronische kolonisatie van de luchtwegen, met name Pseudomonas aeruginosa, leidt tot infectieuze exacerbaties en tot opmerkelijke verslechtering van de ademhalingsfunctie en vertegenwoordigt de belangrijkste oorzaak van morbiditeit en mortaliteit. Tegenwoordig is antibiotherapie de belangrijkste therapeutische oplossing om de ontwikkeling van bacteriën tegen te gaan en de achteruitgang van de ademhalingsfunctie te vertragen. Tijdens de ziekteprogressie wordt deze therapeutische benadering echter beperkt door de accommodatie van bacteriën en de ontwikkeling van antibioticaresistentie.

Dankzij de ontwikkeling van high-throughput sequencing-methoden is de respiratoire microbiota van CF-patiënten grotendeels beschreven en wijst dit de weg naar nieuwe therapeutische benaderingen. Het is vastgesteld dat, i) vanaf jonge leeftijd de respiratoire microbiota van CF-kinderen is gewijzigd in vergelijking met die van gezonde kinderen, ii) de bacteriële diversiteit geleidelijk afneemt gedurende de evolutie van de ziekte, iii) anaeroben een belangrijk onderdeel vormen van de gezonde en CF respiratoire microbiota. De samenstelling van de longmicrobiota zou dus een betere indicator voor ziekteprogressie kunnen zijn dan de enige detectie van P. aeruginosa in CF-ademhalingsmonsters. Bovendien zou de respiratoire microbiota de pathogenese kunnen beïnvloeden door directe interacties tussen micro-organisme/micro-organisme of micro-organisme/gastheer. Dankzij de karakterisering van de respiratoire microbiota van een cohort van CF-patiënten (MUCOBIOME-studie, 2012-2015) is onlangs de potentiële rol van anaëroben (en in het bijzonder soorten behorend tot het geslacht Porphyromonas) in de eerste P. aeruginosa-kolonisatie benadrukt. Inderdaad, de respiratoire microbiota-studie van 34 CF-patiënten heeft onthuld dat als patiënten geen of weinig gekoloniseerd zijn door Porphyromonas spp., het relatieve risico op P. aeruginosa-kolonisatie 3,7 maal hoger is. Omgekeerd is de toename van Porphyromonas spp. bij CF-patiënten die behandeling met ivacaftor krijgen, is gecorreleerd met de verbetering van de ademhalingsfunctie. Dus, naast gebruik als biomarker, speculeren de onderzoekers over het feit dat sommige strikt anaerobe soorten, zoals Porphyromonas spp., zouden kunnen fungeren als CF-pathogenen (zoals P. aeruginosa) concurrenten en hun vestiging in de luchtwegen kunnen beperken.

De onderzoekers zien hier de noodzaak van aanvullende studies om anaërobe bacteriën in de luchtwegen beter te karakteriseren. Het doel van de ANA-MUCO-studie is het identificeren en beschrijven van anaerobe bacteriën in het sputum van een cohort van CF-patiënten, het karakteriseren van de antibioticaresistentieprofielen van de geïsoleerde anaerobe soorten, het bestuderen van de anaerobe verdeling binnen de CF-populatie en het evalueren van de interacties tussen anaëroben en CF-pathogenen (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). Om zo volledig mogelijk te zijn in de anaerobe beschrijving, is het vernieuwende aspect van deze studie de conceptie en het gebruik van een specifieke monsterkit die de anaerobe omstandigheden in het sputum bewaart volgens de aanbevelingen van de International Human Microbiome Standards (IHMS) . Vervolgens zullen uitgebreide kweek- en moleculaire benaderingen worden uitgevoerd om de anaërobe bacteriën te identificeren die betrokken zouden kunnen zijn bij de pulmonaire homeostase in CF-respiratoire monsters.