Epidemiologi av anaeroba bakterier hos patienter med cystisk fibros: beskrivande och icke-interventionell studie (ANA-MUCO)

Cystisk fibros (CF) är en dödlig genetisk sjukdom vars prognos beror på patientens andningsnedsättning. I själva verket leder luftvägarnas mikrobiella kroniska kolonisering, särskilt till Pseudomonas aeruginosa, till infektiösa exacerbationer och till anmärkningsvärd försämring av andningsfunktionen och representerar den främsta orsaken till sjuklighet och dödlighet. Nuförtiden är antibiotika den huvudsakliga terapeutiska lösningen för att motverka bakterieutveckling och för att bromsa nedbrytningen av andningsfunktionen. Under sjukdomsprogressionen begränsas emellertid denna terapeutiska metod av bakterieackommodationen och utvecklingen av antibiotikaresistens.

Tack vare utvecklingen av sekvenseringsmetoder med hög genomströmning har CF-patienters respiratoriska mikrobiota huvudsakligen beskrivits och visar vägen till nya terapeutiska tillvägagångssätt. Det har fastställts att i) från en tidig ålder modifieras den respiratoriska mikrobiotan hos CF-barn i jämförelse med de friska barnen, ii) den bakteriella mångfalden minskar progressivt under sjukdomsutvecklingen, iii) anaerober utgör en viktig del av de friska och CF respiratorisk mikrobiota. Således kan lungmikrobiotasammansättningen vara en bättre indikator för sjukdomsprogression än den enda upptäckten av P. aeruginosa i CF-andningsprover. Vidare kan den respiratoriska mikrobiotan påverka patogenesen genom direkta interaktioner mellan mikroorganism/mikroorganism eller mikroorganism/värd. Nyligen, tack vare respiratorisk mikrobiotakarakterisering av en CF-patients kohort (MUCOBIOME-studie, 2012-2015), har den potentiella rollen för anaerober (och särskilt arter som tillhör släktet Porphyromonas) i den första P. aeruginosa-koloniseringen belysts. Faktum är att respiratorisk mikrobiotastudie av 34 CF-patienter har visat att om patienter är berövade eller lågkoloniserade av Porphyromonas spp., är den relativa risken för kolonisering av P. aeruginosa 3,7 gånger högre. Omvänt ökar den relativa förekomsten av Porphyromonas spp. hos CF-patienter som får Ivacaftor-behandling är korrelerad med förbättringen av andningsfunktionen. Utöver att användas som biomarkör, spekulerar forskarna i det faktum att vissa strikta anaeroba arter, såsom Porphyromonas spp., skulle kunna agera som CF-patogener (som P. aeruginosa) konkurrenter och begränsa deras etablering i luftvägarna.

Utredarna ser här nödvändigheten av kompletterande studier för att bättre karakterisera anaeroba bakterier i luftvägarna. Syftet med ANA-MUCO-studien är att identifiera och beskriva anaeroba bakterier i sputum från en CF-patients kohort, att karakterisera antibiotikaresistensprofilerna för de isolerade anaeroba arterna, att studera den anaeroba uppdelningen inom CF-populationen och att utvärdera interaktionerna mellan anaerober och CF-patogener (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). För att vara så uttömmande som möjligt i anaerobabeskrivningen är den innovativa aspekten av denna studie utformningen och användningen av ett specifikt provkit som bevarar anaeroba förhållanden i sputum enligt rekommendationerna från International Human Microbiome Standards (IHMS) . Sedan kommer utökad odling och molekylära tillvägagångssätt att utföras för att identifiera de anaeroba bakterierna som kan vara involverade i lunghomeostasen i CF-respiratoriska prover.