Epidemiologia dei batteri anaerobi nei pazienti con fibrosi cistica: studio descrittivo e non interventistico (ANA-MUCO)

La fibrosi cistica (FC) è una malattia genetica letale la cui prognosi dipende dall'insufficienza respiratoria dei pazienti. Infatti, la colonizzazione cronica microbica delle vie aeree, in particolare da Pseudomonas aeruginosa, porta a riacutizzazioni infettive ea notevoli compromissioni della funzione respiratoria e rappresenta la principale causa di morbilità e mortalità. Oggi l'antibioterapia è la principale soluzione terapeutica per contrastare lo sviluppo batterico e rallentare il degrado della funzione respiratoria. Tuttavia, durante la progressione della malattia, questo approccio terapeutico è limitato dall'accomodamento dei batteri e dallo sviluppo di resistenza agli antibiotici.

Grazie allo sviluppo di metodi di sequenziamento ad alto rendimento, il microbiota respiratorio dei pazienti CF è stato principalmente descritto e indica la strada a nuovi approcci terapeutici. È stato stabilito che, i) fin dalla tenera età, il microbiota respiratorio dei bambini CF è modificato rispetto a quello dei bambini sani, ii) la diversità batterica diminuisce progressivamente durante l'evoluzione della malattia, iii) gli anaerobi rappresentano una parte importante del e microbiota respiratorio FC. Pertanto, la composizione del microbiota polmonare potrebbe essere un migliore indicatore di progressione della malattia rispetto all'unico rilevamento di P. aeruginosa nei campioni respiratori CF. Inoltre, il microbiota respiratorio potrebbe influenzare la patogenesi attraverso interazioni dirette tra microrganismo/microrganismo o microrganismo/ospite. Recentemente, grazie alla caratterizzazione del microbiota respiratorio di una coorte di pazienti CF (studio MUCOBIOME, 2012-2015), è stato evidenziato il potenziale ruolo degli anaerobi (e in particolare delle specie appartenenti al genere Porphyromonas) nella prima colonizzazione di P. aeruginosa. In effetti, lo studio sul microbiota respiratorio di 34 pazienti con FC ha rivelato che se i pazienti sono privati ​​o scarsamente colonizzati da Porphyromonas spp., il rischio relativo di colonizzazione da P. aeruginosa è 3,7 volte più alto. Al contrario, l'aumento dell'abbondanza relativa di Porphyromonas spp. nei pazienti CF che ricevono il trattamento con Ivacaftor è correlato al miglioramento della funzione respiratoria. Pertanto, oltre ad essere utilizzato come biomarcatore, i ricercatori ipotizzano che alcune specie anaerobiche strette, come Porphyromonas spp., possano agire come concorrenti dei patogeni della FC (come P. aeruginosa) e limitarne l'insediamento nelle vie aeree.

I ricercatori vedono qui la necessità di studi complementari per caratterizzare meglio i batteri anaerobici nelle vie aeree. Lo scopo dello studio ANA-MUCO è identificare e descrivere i batteri anaerobici nell'espettorato di una coorte di pazienti CF, caratterizzare i profili di resistenza agli antibiotici delle specie anaerobiche isolate, studiare la ripartizione degli anaerobi all'interno della popolazione CF e valutare le interazioni tra anaerobi e patogeni CF (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). Al fine di essere il più esaustivo possibile nella descrizione degli anaerobi, l'aspetto innovativo di questo studio è l'ideazione e l'utilizzo di uno specifico kit di campioni che preserva le condizioni anaerobiche nell'espettorato secondo le raccomandazioni dell'International Human Microbiome Standards (IHMS) . Quindi, verranno eseguiti approcci molecolari e di coltura estesa per identificare i batteri anaerobi che potrebbero essere coinvolti nell'omeostasi polmonare nei campioni respiratori CF.