Epidemiologi af anaerobe bakterier hos patienter med cystisk fibrose: beskrivende og ikke-interventionel undersøgelse (ANA-MUCO)

Cystisk fibrose (CF) er en dødelig genetisk sygdom, hvis prognose afhænger af patienternes åndedrætsnedsættelse. Faktisk fører luftvejens mikrobielle kroniske kolonisering, især til Pseudomonas aeruginosa, til infektiøse eksacerbationer og til bemærkelsesværdig svækkelse af respiratorisk funktion og repræsenterer hovedårsagen til morbiditet og dødelighed. I dag er antibiotika den vigtigste terapeutiske løsning til at modvirke bakterieudvikling og bremse nedbrydning af åndedrætsfunktionen. Men under sygdomsprogressionen er denne terapeutiske tilgang begrænset af bakterieackommodationen og udviklingen af ​​antibiotikaresistens.

Takket være udviklingen af ​​high-throughput sekventeringsmetoder er CF-patienters respiratoriske mikrobiota hovedsageligt blevet beskrevet og viser vejen til nye terapeutiske tilgange. Det er blevet fastslået, at i) fra en tidlig alder er den respiratoriske mikrobiota hos CF-børn modificeret i sammenligning med de raske børn, ii) den bakterielle diversitet falder gradvist gennem sygdomsudviklingen, iii) anaerober udgør en vigtig del af de raske og CF respiratorisk mikrobiota. Pulmonal mikrobiotasammensætning kunne således være en bedre indikator for sygdomsprogression end den eneste påvisning af P. aeruginosa i CF respiratoriske prøver. Desuden kan den respiratoriske mikrobiota påvirke patogenesen gennem direkte interaktioner mellem mikroorganisme/mikroorganisme eller mikroorganisme/vært. For nylig, takket være respiratorisk mikrobiota-karakterisering af en CF-patients kohorte (MUCOBIOME-undersøgelse, 2012-2015), er den potentielle rolle af anaerober (og især arter tilhørende slægten Porphyromonas) i den første P. aeruginosa-kolonisering blevet fremhævet. Faktisk har respiratorisk mikrobiotaundersøgelse af 34 CF-patienter afsløret, at hvis patienter er berøvet eller lavt koloniseret af Porphyromonas spp., er den relative risiko for P. aeruginosa-kolonisering 3,7 gange højere. Omvendt er den relative overflods stigning af Porphyromonas spp. hos CF-patienter, der får Ivacaftor-behandling, er korreleret med forbedringen af ​​respirationsfunktionen. Ud over at blive brugt som biomarkør spekulerer efterforskerne således i, at nogle strenge anaerobe arter, såsom Porphyromonas spp., kunne fungere som CF-patogener (som P. aeruginosa) konkurrenter og begrænse deres etablering i luftvejene.

Forskerne ser her nødvendigheden af ​​supplerende undersøgelser for bedre at kunne karakterisere anaerobe bakterier i luftvejene. Formålet med ANA-MUCO-studiet er at identificere og beskrive anaerobe bakterier i sputum fra en CF-patients kohorte, at karakterisere antibiotikaresistensprofilerne for de isolerede anaerobe arter, at studere den anaerobe opdeling i CF-populationen og at evaluere interaktionerne mellem anaerobe og CF-patogener (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). For at være den mest udtømmende som muligt i beskrivelsen af ​​anaerobe, er det innovative aspekt af denne undersøgelse udformningen og brugen af ​​et specifikt prøvesæt, som bevarer anaerobe forhold i sputum i henhold til anbefalingerne fra International Human Microbiome Standards (IHMS) . Derefter vil udvidet kultur og molekylære tilgange blive udført for at identificere de anaerobe bakterier, som kunne være involveret i pulmonal homeostase i CF respiratoriske prøver.