Epidemiologia de bactérias anaeróbias em pacientes com fibrose cística: estudo descritivo e não intervencional (ANA-MUCO)

A Fibrose Cística (FC) é uma doença genética letal cujo prognóstico depende do comprometimento respiratório dos pacientes. De facto, a colonização crónica microbiana das vias respiratórias, particularmente por Pseudomonas aeruginosa, conduz a exacerbações infecciosas e a notáveis ​​alterações da função respiratória e representa a principal causa de morbilidade e mortalidade. Atualmente, a antibioterapia é a principal solução terapêutica para impedir o desenvolvimento bacteriano e retardar a degradação da função respiratória. No entanto, durante a progressão da doença, esta abordagem terapêutica é limitada pela acomodação da bactéria e desenvolvimento de resistência aos antibióticos.

Graças ao desenvolvimento de métodos de sequenciamento de alto rendimento, a microbiota respiratória de pacientes com FC foi principalmente descrita e aponta o caminho para novas abordagens terapêuticas. Tem-se verificado que, i) desde tenra idade, a microbiota respiratória das crianças com FC modifica-se em comparação com a das crianças saudáveis, ii) a diversidade bacteriana diminui progressivamente ao longo da evolução da doença, iii) os anaeróbios representam uma parte importante da população saudável e microbiota respiratória da FC. Assim, a composição da microbiota pulmonar pode ser um melhor indicador de progressão da doença do que a única detecção de P. aeruginosa em amostras respiratórias de FC. Além disso, a microbiota respiratória pode influenciar a patogênese por meio de interações diretas entre microrganismo/microorganismo ou microrganismo/hospedeiro. Recentemente, graças à caracterização da microbiota respiratória de uma coorte de pacientes com FC (estudo MUCOBIOME, 2012-2015), o papel potencial dos anaeróbios (e particularmente das espécies pertencentes ao gênero Porphyromonas) na primeira colonização por P. aeruginosa foi destacado. De fato, o estudo da microbiota respiratória de 34 pacientes com FC revelou que, se os pacientes forem privados ou pouco colonizados por Porphyromonas spp., o risco relativo de colonização por P. aeruginosa é 3,7 vezes maior. Por outro lado, o aumento da abundância relativa de Porphyromonas spp. em pacientes com FC recebendo tratamento com Ivacaftor está correlacionada com a melhora da função respiratória. Assim, além de ser usado como biomarcador, os pesquisadores especulam sobre o fato de algumas espécies anaeróbias estritas, como Porphyromonas spp., poderem atuar como competidoras de patógenos da FC (como a P. aeruginosa) e limitar sua instalação nas vias aéreas.

Os investigadores veem aqui a necessidade de estudos complementares para melhor caracterizar bactérias anaeróbicas nas vias respiratórias. O objetivo do estudo ANA-MUCO é identificar e descrever bactérias anaeróbias no escarro de uma coorte de pacientes com FC, caracterizar os perfis de resistência a antibióticos das espécies anaeróbicas isoladas, estudar a repartição de anaeróbios na população de FC e avaliar as interações entre anaeróbios e patógenos da FC (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). A fim de ser o mais exaustivo possível na descrição dos anaeróbios, o aspecto inovador deste estudo é a concepção e a utilização de um kit de amostra específico que preserva as condições anaeróbicas no escarro de acordo com as recomendações do International Human Microbiome Standards (IHMS) . Em seguida, serão realizadas abordagens moleculares e de cultura estendida para identificar as bactérias anaeróbicas que possam estar envolvidas na homeostase pulmonar em amostras respiratórias de FC.