mNGS - Ohjattu antimikrobinen hoito varhaisen vaikean yhteisössä hankitun keuhkokuumeen immuunipuutteisilla potilailla (MATESHIP)

Vaikea yhteisöstä hankittu keuhkokuume (SCAP) on ilmaantuva keuhkojen parenkyyman infektiosairaus, joka on saatu sairaalan ulkopuolella. SCAP on johtava maailmanlaajuinen tartuntatautien aiheuttaja tehohoitoyksiköissä (noin 20–30 %) ja ensisijainen kuolleisuuden ja sairastuvuuden syy immuunipuutteisilla potilailla. Syövän hoidon edistymisen, biologisten lääkkeiden ja immunosuppressanttien lisääntymisen vuoksi autoimmuunisairauksiin ja lisääntyvien elinsiirtojen saajien määrä on lisääntynyt maailmanlaajuisesti, ja potilaiden, joilla on immuunivajaus, osuus kaikista immuunipuutteista on noin 35 prosenttia. tehohoitoyksikön (ICU) vastaanotto. Immuunipuutteisilla potilailla, joilla on aina riski saada seka- ja epätavallinen taudinaiheuttaja, on enemmän tekijöitä, jotka vaikeuttavat sepsiksen, hengitysvajauksen, akuutin hengitysvaikeusoireyhtymän, ja kuolleisuus voi olla jopa 50 %. Lisäksi tulokset immuunipuutteellisilla potilailla, joilla oli SCAP, eivät liittyneet vain taudin vakavuuteen, vaan myös viivästyneisiin asianmukaisen hoidon aloittamiseen. 2019 American Thoracic Societyn (ATS)/Infectious Diseases Society of America:n (IDSA) yhteisöstä hankitun keuhkokuumeen (CAP) ohjeissa suositellaan, että asianmukaisten mikrobilääkkeiden antaminen mahdollisimman pian on tehokkain keino parantaa kliinistä ennustetta ja vähentää SCAP-potilaiden kuolleisuutta. Siksi patogeenisten mikro-organismien oikea-aikainen tunnistaminen on erityisen tärkeää antimikrobisessa hoidossa immuunipuutteisilla potilailla, joilla on SCAP.

Perinteiset mikrobiologiset diagnostiset menetelmät, kuten mikrobiologiset standardiviljelmät, mikroskopia, polymeraasiketjureaktio (PCR), hengitystievirusten multipleksinen PCR sekä patogeenispesifiset antigeenit ja vasta-ainemääritykset, liittyvät asiaan liittyviin rajoituksiin: (1) pitkä viljelysykli ja alhainen positiivinen korko; (2) yleensä vain yksi patogeeni voidaan havaita kerrallaan; (3) kyvyttömyys havaita vaativia tai vaikeita viljelyorganismeja; (4) Patogeenien vasta-ainepohjainen testaus voi olla epäluotettavaa immuunipuutteellisilla potilailla, jotka eivät pysty muodostamaan vasta-ainevasteita. Perinteiset diagnostiset menetelmät ovat suuri haaste SCAP:n patogeenien diagnosoinnissa immuunipuutteisten potilaiden keskuudessa edellä mainittujen rajoitusten ja monimutkaisten aiheuttavien mikro-organismien vuoksi. Perinteisten mikrobiologisten diagnostisten tekniikoiden tuloksiin perustuva perinteinen antimikrobinen hoito voi kuitenkin viivästyttää oikea-aikaista tarkkaa antimikrobista hoitoa alkuvaiheessa ja SCAP-potilaiden immuunipuutteisten potilaiden kuolleisuutta. Metagenominen seuraavan sukupolven sekvensointi (mNGS), joka voi nopeasti (yleensä 24 tunnissa) havaita laajan joukon bakteereja, viruksia ja sieniä puolueettomasti samanaikaisesti analysoimalla patogeenien soluvapaita nukleiinihappofragmentteja (DNA) sopivilla menetelmillä. alempien hengitysteiden (LRT) näytettä käytetään yhä enemmän vakavissa tartuntataudeissa, erityisesti immuunipuutteisilla potilailla. Tässä tutkimuksessa spekuloidaan, että mNGS (käyttämällä LRT-näytettä) voi ohjata varhaista ja tarkkaa antimikrobista hoitoa immuunipuutteisille potilaille, joilla on SCAP. Tämä monikeskus, avaava, satunnaistettu, kontrolloitu reitti ottaa mukaan SCAP-potilaita, joilla on immuunivajaus, jotta voidaan määrittää, parantaako mNGS-ohjattu antimikrobinen hoito kliinistä ennustetta ja lisääkö kliinistä paranemisnopeutta. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on karakterisoida mNGS-ohjatun antimikrobisen hoidon vaikutusta SCAP:iin verrattuna tavanomaiseen hoitoon immuunipuutteisilla potilailla. Oletuksena on, että mNGS-ohjattu antimikrobinen hoito immuunipuutteellisille potilaille, joilla on SCAP, parantaa näiden potilaiden kliinisiä tuloksia.