mNGS — kierowane leczenie przeciwdrobnoustrojowe we wczesnym ciężkim pozaszpitalnym zapaleniu płuc u pacjentów z obniżoną odpornością (MATESHIP)

Ciężkie pozaszpitalne zapalenie płuc (SCAP) to pojawiająca się choroba zakaźna miąższu płuc, która nabyła się poza szpitalem. SCAP jest wiodącą globalną zakaźną przyczyną przyjęć na oddziały intensywnej terapii (OIOM) (około 20%-30%) oraz główną przyczyną śmiertelności i zachorowalności u pacjentów z obniżoną odpornością. Na całym świecie obserwuje się wzrost liczby pacjentów z wyraźnymi stanami obniżonej odporności w związku z postępem w leczeniu raka, coraz większą liczbą leków biologicznych i immunosupresyjnych w przypadku chorób autoimmunologicznych oraz rosnących biorców przeszczepów narządów, i szacuje się, że pacjenci z obniżoną odpornością stanowią około 35% wszystkich przyjęć na oddział intensywnej terapii (OIOM). Pacjenci z obniżoną odpornością, którzy zawsze są narażeni na zakażenie mieszanymi i nietypowymi patogenami, mają więcej czynników do powikłania posocznicą, niewydolnością oddechową, zespołem ostrej niewydolności oddechowej, a śmiertelność może sięgać nawet 50%. Co więcej, wyniki u pacjentów z obniżoną odpornością z SCAP były związane nie tylko z ciężkością choroby, ale także z opóźnieniami w rozpoczęciu odpowiedniej terapii. Wytyczne American Thoracic Society (ATS)/Infectious Diseases Society of America (IDSA) z 2019 r. dotyczące pozaszpitalnego zapalenia płuc (CAP) zalecają, aby jak najszybsze podanie odpowiednich środków przeciwdrobnoustrojowych było najskuteczniejszym sposobem poprawy rokowania klinicznego i zmniejszenia śmiertelności u pacjentów z SCAP. Dlatego terminowa identyfikacja mikroorganizmów chorobotwórczych jest szczególnie istotna dla leczenia przeciwbakteryjnego u pacjentów z obniżoną odpornością z SCAP.

Konwencjonalne mikrobiologiczne metody diagnostyczne, takie jak standardowe hodowle mikrobiologiczne, mikroskopia, reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR), multipleks PCR wirusa oddechowego, a także antygeny specyficzne dla patogenu i testy przeciwciał, wiążą się z istotnymi ograniczeniami: (1) długim cyklem hodowli i niską dodatni wskaźnik; (2) zwykle można wykryć tylko jeden patogen naraz; (3) niemożność wykrycia organizmów o wybrednych lub trudnych kulturach; (4) testy oparte na przeciwciałach przeciwko patogenom mogą być niewiarygodne u pacjentów z obniżoną odpornością, którzy nie są w stanie uzyskać odpowiedzi przeciwciał. Konwencjonalne metody diagnostyczne stanowią duże wyzwanie w diagnostyce patogenów SCAP wśród pacjentów z obniżoną odpornością ze względu na powyższe ograniczenia i skomplikowaną mikroorganizmy sprawcze. Jednak konwencjonalna terapia przeciwdrobnoustrojowa oparta na wynikach konwencjonalnych mikrobiologicznych technik diagnostycznych, która może opóźnić terminową, dokładną terapię przeciwdrobnoustrojową na początkowym etapie, a także może zwiększyć śmiertelność pacjentów z obniżoną odpornością z SCAP. Metagenomiczne sekwencjonowanie nowej generacji (mNGS), które może szybko (zwykle w ciągu 24 godzin) wykryć szeroką gamę bakterii, wirusów i grzybów w bezstronny sposób, jednocześnie analizując fragmenty wolnych od komórek kwasów nukleinowych (DNA) patogenów przy użyciu odpowiednich próbki z dolnych dróg oddechowych (LRT) są coraz częściej stosowane w ciężkich chorobach zakaźnych, zwłaszcza wśród pacjentów z obniżoną odpornością. W tym badaniu spekuluje się, że mNGS (przy użyciu próbki LRT) może kierować wczesnym i dokładnym leczeniem przeciwbakteryjnym pacjentów z obniżoną odpornością z SCAP. Ta wieloośrodkowa, otwierająca, randomizowana, kontrolowana ścieżka obejmie pacjentów SCAP z obniżoną odpornością w celu ustalenia, czy leczenie przeciwdrobnoustrojowe pod kontrolą mNGS poprawia rokowanie kliniczne i zwiększa odsetek wyleczeń klinicznych. Celem tego badania jest scharakteryzowanie wpływu leczenia przeciwbakteryjnego kierowanego przez mNGS na SCAP w porównaniu z leczeniem konwencjonalnym wśród pacjentów z obniżoną odpornością. Postuluje się, że leczenie przeciwdrobnoustrojowe pod kontrolą mNGS u pacjentów z obniżoną odpornością i SCAP poprawi wyniki kliniczne wśród tych pacjentów.