Traitement antimicrobien guidé par mNGS dans les pneumonies communautaires sévères précoces chez les patients immunodéprimés (MATESHIP)

La pneumonie communautaire sévère (SCAP) est une maladie infectieuse d'émergence du parenchyme pulmonaire qui s'est contractée en dehors d'un milieu hospitalier. Le SCAP est l'une des principales causes infectieuses mondiales d'admission en unité de soins intensifs (USI) (environ 20 % à 30 %), et la principale cause de mortalité et de morbidité chez les patients immunodéprimés. Il y a une augmentation mondiale du nombre de patients atteints d'affections immunodéprimées distinctes en raison des progrès du traitement du cancer, de l'augmentation des produits biologiques et des immunosuppresseurs pour les maladies auto-immunes et du nombre croissant de receveurs de greffes d'organes, et il a été estimé que les patients atteints d'affections immunodéprimées représentent environ 35 % de tous admissions en unité de soins intensifs (USI). Les patients immunodéprimés, qui sont toujours à risque d'infection par des agents pathogènes mixtes et inhabituels, ont plus de facteurs à compliquer avec une septicémie, une insuffisance respiratoire, un syndrome de détresse respiratoire aiguë et le taux de mortalité peut atteindre 50 %. De plus, les résultats chez les patients immunodéprimés atteints de SCAP étaient non seulement liés à la gravité de la maladie, mais également au retard de l'initiation du traitement approprié. La directive 2019 de l'American Thoracic Society (ATS)/Infectious Diseases Society of America (IDSA) sur la pneumonie acquise dans la communauté (PAC) recommande que l'administration d'antimicrobiens appropriés dès que possible soit la mesure la plus efficace pour améliorer le pronostic clinique et réduire le taux de mortalité des patients SCAP. Par conséquent, l'identification rapide des micro-organismes pathogènes est particulièrement cruciale pour le traitement antimicrobien chez les patients immunodéprimés atteints de SCAP.

Les méthodes de diagnostic microbiologique conventionnelles, telles que les cultures microbiologiques standard, la microscopie, la réaction en chaîne par polymérase (PCR), la PCR multiplex des virus respiratoires, ainsi que les tests d'antigènes et d'anticorps spécifiques aux agents pathogènes, sont associées à des limitations pertinentes : (1) cycle de culture long et faible taux positif ; (2) généralement, un seul agent pathogène peut être détecté à la fois ; (3) incapacité à détecter des organismes de culture exigeants ou difficiles ; (4) les tests basés sur les anticorps pathogènes peuvent ne pas être fiables chez les patients immunodéprimés qui sont incapables de développer des réponses anticorps. Les méthodes de diagnostic conventionnelles constituent un grand défi pour le diagnostic des agents pathogènes de SCAP chez les patients immunodéprimés en raison des limitations ci-dessus et des micro-organismes responsables compliqués. Cependant, la thérapie antimicrobienne conventionnelle basée sur les résultats des techniques de diagnostic microbiologique conventionnelles, qui peut retarder une thérapie antimicrobienne précise en temps opportun au stade initial, et la mortalité des patients immunodéprimés atteints de SCAP peuvent être augmentées. Séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS), qui peut détecter rapidement (généralement en 24h) un large éventail de bactéries, de virus et de champignons de manière impartiale en même temps en analysant des fragments d'acide nucléique (ADN) acellulaires d'agents pathogènes à l'aide d'un échantillon des voies respiratoires inférieures (LRT), est de plus en plus utilisé dans les maladies infectieuses graves, en particulier chez les patients immunodéprimés. Cette étude suppose que le mNGS (utilisant un échantillon LRT) peut guider un traitement antimicrobien précoce et précis pour les patients immunodéprimés atteints de SCAP. Cette piste multicentrique, ouverte, randomisée et contrôlée recrutera des patients SCAP présentant des conditions immunodéprimées pour déterminer si le traitement antimicrobien guidé par mNGS améliore le pronostic clinique et augmente le taux de guérison clinique. Le but de cette étude est de caractériser l'effet du traitement antimicrobien guidé par mNGS pour SCAP par rapport au traitement conventionnel chez les patients immunodéprimés. Il est postulé que le traitement antimicrobien guidé par mNGS pour les patients immunodéprimés atteints de SCAP améliorera les résultats cliniques chez ces patients.