Multi-omics-analyysit mahasyövän esiastevaurioiden etiologiasta ja varhaisesta havaitsemisesta

Tutkimuspopulaatio on osa Ruotsin kaksosrekisteriä (STR), joka on perustamisestaan ​​lähtien 1950-luvun lopulla kerännyt kyselytietoja kaikista 1886 jälkeen syntyneistä kaksosista. Tämän erityisen tutkimuksen tiedot ovat osa STR:n Screening Across the Lifespan (SALT) -tutkimusta, jossa kaikkia vuosina 1911-1958 syntyneitä kaksosia haastateltiin vuosina 1998-2002. TwinGene-niminen alakohortti perustettiin vuosina 2004–2008, jolloin osallistujia pyydettiin vastaamaan yleisiä sairauksia koskevaan kyselyyn ja antamaan verinäyte. Näytteet kerättiin 12 618 kaksoselta, jotka ovat syntyneet vuonna 1958 tai aikaisemmin, joista verinäyte oli saatavilla 12 609:ltä. Kun pois jätettiin 10 näytettä, joita ei voitu yhdistää saatavilla oleviin ympäristötietoihin, analysoitiin yhteensä 12 599 verinäytettä. Korpusdominoivalle CAG:lle oli ominaista PGI/PGII-suhde, joka oli alle 3. Metabolominen profilointi seeruminäytteitä käyttäen on suoritettu Nightingale Blood Biomarker Analysis -alustan perusteella. Proteominen profilointi suoritetaan sekä Scanning SWATH- että OLINK® Explore 384 Oncology -paneelissa. H. pylori -infektion historiaa tutkitaan mittaamalla seerumin IgG-vasta-aineita H. pyloria vastaan ​​ELISA:lla. Kyselylomakkeilla kerätyt yksityiskohtaiset elämäntapatiedot sisältävät koulutuksen, tupakoinnin, nuuskaveden, alkoholin juonnin, huumeiden käytön, ruokavalion ja pituuden/painon jne. Metaboliitit muunnetaan logaritmiksi ennen analyyseja, koska niiden jakautuminen on yleensä vino. Jokaisen metaboliitin osalta ensin verrataan CAG-potilaita kaikkiin CAG-vapaisiin kontrolleihin. Wilcoxon-Mann-Whitney-testiä tai Kruskal-Wallis-testiä käytetään proteiinien ilmentymien erojen vertailuun CAG- ja ei-CAG-ryhmien välillä, ja useita vertailuja säädetään Bonferroni-korjauksella. Yleiset estimointiyhtälöt (GEE) -mallit, joissa on vankka vaihtoehto, sovitetaan arvioimaan todennäköisyyssuhteita (OR). Toiseksi vertailussa MZ-kaksoskontrollien ja DZ-kaksoskontrollien kanssa tutkimukseen sisällytetään vain täydelliset kaksoisparit, joilla on ristiriitainen CAG. Tarkemmin sanottuna ehdollisia logistisia regressiomalleja käytetään vastaavuuden ohjaamiseen kaksoisparien sisällä. Yhdistämme edelleen metabolomiikan ja proteomiikan tiedot ja yritämme rakentaa CAG-ennustemallin. Kovariaatteja ovat ikä, sukupuoli, H. pylori -seropositiivisuus, koulutustaso, tupakointi, nuuskakastelu ja alkoholin juominen. Lisäksi tarkastellaan eri metaboliittien yhteisvaikutuksia ja vuorovaikutusta muiden yhteismuuttujien kanssa.