Analyses multi-omiques sur l'étiologie et la détection précoce des lésions précurseurs du cancer de l'estomac

La population étudiée fait partie du registre suédois des jumeaux (STR), qui, depuis sa création à la fin des années 1950, collecte des données par questionnaire auprès de tous les jumeaux nés après 1886. Les données de cette étude spécifique constituent un sous-ensemble de l'étude Screening Across the Lifespan (SALT) menée au sein du STR, dans laquelle tous les jumeaux nés entre 1911 et 1958 ont été interrogés entre 1998 et 2002. La sous-cohorte nommée TwinGene a été créée entre 2004 et 2008 lorsque les participants étaient invités à répondre à un questionnaire sur les maladies courantes et à fournir un échantillon de sang. Des échantillons ont été prélevés sur 12 618 jumeaux nés en 1958 ou avant, parmi lesquels des échantillons de sang provenant de 12 609 étaient disponibles. Après avoir exclu 10 échantillons impossibles à établir un lien avec les données environnementales disponibles, un total de 12 599 échantillons de sang ont été analysés. Le CAG à dominante corpus a été caractérisé par un rapport PGI/PGII inférieur à 3. Un profilage métabolomique à l'aide d'échantillons de sérum a été réalisé sur la base de la plateforme d'analyse des biomarqueurs sanguins Nightingale. Le profilage protéomique sera effectué par le panel Scanning SWATH et OLINK® Explore 384 Oncology. Les antécédents d'infection à H. pylori sont examinés en mesurant les anticorps IgG sériques contre H. pylori, à l'aide d'ELISA. Les informations détaillées sur le mode de vie collectées par des questionnaires comprennent l'éducation, le tabagisme, le tabac à priser, la consommation d'alcool, la consommation de drogues, l'alimentation et la taille/poids, etc. Les métabolites seront transformés en log avant les analyses, en raison de leur distribution généralement asymétrique. Pour chaque métabolite, dans un premier temps, les patients CAG seront comparés à tous les contrôles sans CAG. Le test de Wilcoxon-Mann-Whitney ou le test de Kruskal-Wallis seront utilisés pour comparer les différences d'expressions protéiques entre les groupes CAG et non-CAG, et les comparaisons multiples seront ajustées à l'aide de la correction de Bonferroni. Des modèles d'équations d'estimation généralisées (GEE) avec l'option robuste seront ajustés pour estimer les rapports de cotes (OR). Deuxièmement, dans la comparaison avec les contrôles co-jumeaux MZ et les contrôles co-jumeaux DZ, seules les paires de jumeaux complètes avec CAG discordant seront incluses dans l'étude. Plus précisément, des modèles de régression logistique conditionnelle seront utilisés pour contrôler l'appariement au sein des paires de co-jumeaux. Nous combinerons davantage les données métabolomique et protéomique et tenterons de construire un modèle de prédiction CAG. Les covariables incluront l'âge, le sexe, la séropositivité à H. pylori, le niveau d'éducation, le tabagisme, le tabac à priser et la consommation d'alcool. Les effets conjoints de différents métabolites et l'interaction avec d'autres covariables seront également examinés.