Multi-omické analýzy etiologie a časné detekce lézí prekurzorů rakoviny žaludku

Studovaná populace je součástí Švédského registru dvojčat (STR), který od svého založení na konci 50. let minulého století sbíral dotazníková data od všech dvojčat narozených po roce 1886. Údaje v této specifické studii jsou podmnožinou studie Screening Across the Lifespan (SALT) v rámci STR, ve které byla v letech 1998-2002 dotazována všechna dvojčata narozená v letech 1911-1958. Podskupina s názvem TwinGene byla založena v letech 2004 až 2008, kdy byli účastníci vyzváni, aby odpověděli na dotazník o běžných onemocněních a poskytli vzorek krve. Vzorky byly odebrány od 12 618 dvojčat narozených v roce 1958 nebo dříve, z nichž byl k dispozici vzorek krve od 12 609. Po vyloučení 10 vzorků, které nebyly schopny spojit se s dostupnými environmentálními údaji, bylo analyzováno celkem 12 599 vzorků krve. Corpus-dominant CAG byl charakterizován poměrem PGI/PGII menším než 3. Metabolomické profilování pomocí vzorků séra bylo provedeno na platformě Nightingale Blood Biomarker Analysis. Proteomické profilování bude prováděno panelem Scanning SWATH a OLINK® Explore 384 Oncology. Historie infekce H. pylori se vyšetřuje měřením sérových IgG protilátek proti H. pylori pomocí ELISA. Podrobné informace o životním stylu shromážděné pomocí dotazníků zahrnují vzdělání, kouření, šňupání, pití alkoholu, užívání drog, dietu a výšku/hmotnost atd. Metabolity budou před analýzami logaritmicky transformovány kvůli jejich obvykle zkreslené distribuci. Pro každý metabolit budou nejprve pacienti s CAG porovnáni se všemi kontrolami bez CAG. Pro srovnání rozdílů v expresi proteinů mezi CAG a non-CAG skupinami bude použit Wilcoxon-Mann-Whitney test nebo Kruskal-Wallisův test a vícenásobná srovnání budou upravena pomocí Bonferroniho korekce. K odhadu poměrů šancí (ORs) budou použity modely zobecněných odhadových rovnic (GEE) s robustní možností. Za druhé, ve srovnání s kontrolami MZ co-twin a DZ co-twin kontrolami budou do studie zahrnuty pouze kompletní páry dvojčat s nesouhlasným CAG. Konkrétně, podmíněné logistické regresní modely budou použity pro kontrolu párování v párech co-twin. Dále budeme kombinovat metabolomická a proteomická data a pokusíme se vytvořit CAG predikční model. Proměnné budou zahrnovat věk, pohlaví, séropozitivitu H. pylori, úroveň vzdělání, kouření, šňupání a pití alkoholu. Budou také zkoumány společné účinky různých metabolitů a interakce s jinými kovariátami.