Multi-omics-analyser på etiologi og tidlig påvisning av magekreftforløperlesjoner

Studiepopulasjonen er en del av det svenske tvillingregisteret (STR), som siden etableringen på slutten av 1950-tallet har samlet inn spørreskjemadata fra alle tvillinger født etter 1886. Dataene i denne spesifikke studien er en undergruppe av Screening Across the Lifespan-studien (SALT) innenfor STR, der alle tvillinger født mellom 1911-1958 ble intervjuet mellom 1998-2002. Underkohorten kalt TwinGene ble satt opp mellom årene 2004 og 2008 da deltakerne ble invitert til å svare på et spørreskjema om vanlige sykdommer og gi en blodprøve. Det ble samlet inn prøver fra 12 618 tvillinger født 1958 eller tidligere, hvorav blodprøver fra 12 609 var tilgjengelige. Etter å ha ekskludert 10 prøver som ikke klarte å koble til tilgjengelige miljødata, ble totalt 12 599 blodprøver analysert. Corpus-dominante CAG ble karakterisert av et PGI/PGII-forhold på mindre enn 3. Metabolomisk profilering ved bruk av serumprøver er utført basert på Nightingale Blood Biomarker Analysis-plattform. Proteomisk profilering vil bli utført av både Scanning SWATH og OLINK® Explore 384 Oncology-panelet. Anamnese med H. pylori-infeksjon undersøkes ved å måle serum IgG-antistoffer mot H. pylori ved bruk av ELISA. Detaljert livsstilsinformasjon samlet inn av spørreskjemaer inkluderer utdanning, røyking, snusdypping, alkoholdrikking, narkotikabruk, kosthold og høyde/vekt osv. Metabolitter vil bli loggtransformert før analyser, på grunn av dens vanligvis skjeve fordeling. For hver metabolitt vil for det første CAG-pasienter bli sammenlignet med alle de CAG-frie kontrollene. Wilcoxon-Mann-Whitney-testen eller Kruskal-Wallis-testen vil bli brukt for å sammenligne forskjeller i proteinuttrykk mellom CAG- og ikke-CAG-grupper, og flere sammenligninger vil bli justert ved hjelp av Bonferroni-korreksjon. Generaliserte estimeringslikningsmodeller (GEE) med det robuste alternativet vil bli montert for å estimere oddsratioene (OR). For det andre, i sammenligningen med MZ co-twin kontroller og DZ co-twin kontroller, vil bare komplette tvillingpar med diskordant CAG bli inkludert i studien. Spesifikt vil betingede logistiske regresjonsmodeller bli brukt til å kontrollere for matching innenfor co-tvillingpar. Vi vil videre kombinere metabolomikk- og proteomikkdata, og prøve å bygge opp en CAG-prediksjonsmodell. Kovariater vil inkludere alder, kjønn, H. pylori seropositivitet, utdanningsnivå, røyking, snusdypping og alkoholdrikking. Felleseffekter av ulike metabolitter og interaksjon med andre kovariater vil også bli undersøkt.