Analyse des points de rupture des translocations chromosomiques de novo apparemment équilibrées

Le retard psychomoteur est observé chez environ 3 % de la population générale et a des causes diverses : environnementales, génétiques (gène ou chromosome) ou inconnues. Des anomalies chromosomiques ont été identifiées dans 15 % des retards psychomoteurs syndromiques (c. associé à un autre symptôme). Des translocations chromosomiques équilibrées sont observées chez un individu sur 1000 et seuls 6 % des patients présentant des translocations apparemment équilibrées de novo ont un phénotype anormal (Warburton, 1991). La revue de la littérature, concernant l'analyse par microarray des translocations apparemment équilibrées de novo chez les patients présentant un retard psychomoteur, révèle :* dans 40 % des cas : une anomalie non identifiée sur le caryotype, soit aux points de rupture des translocations, soit à un endroit différent sur le génome,* dans 60% des cas : aucune anomalie n'est retrouvée avec une résolution jusqu'à 25kb (Schluth-Bolard et al., 2009). La technique généralement utilisée pour cloner un breakpoint et identifier un gène perturbé est une "marche" sur le chromosome. Cette technique utilise des sondes fluorescentes, telles que les BAC ou les PAC, situées sur les chromosomes dérivés des deux côtés des points de cassure. Cette technique demande beaucoup de travail, prend du temps et est coûteuse car il faut sonder le long des chromosomes dérivés, de plus en plus près du point de cassure, afin de trouver la sonde chevauchant le point de cassure. Les chercheurs proposent une technique originale, innovante et rapide pour cartographier les points de rupture de la translocation chromosomique chez les patients présentant un retard psychomoteur et sans anomalie à l'analyse des microréseaux. L'objectif principal est de développer une technique pour identifier de nouveaux gènes en clonant et en cartographiant les points de rupture de la translocation chromosomique. Ces gènes seraient alors candidats pour expliquer le phénotype du patient. L'étude couvre une période de 24 mois et inclut 10 patients. La faisabilité de la technique, ainsi que son application au diagnostic de routine en laboratoire, seront évaluées. L'étude a été approuvée par notre comité local de bioéthique et respecte la loi française de bioéthique. Une analyse initiale de puces à ADN bien être effectuée pour identifier un gain ou une perte de matériel génétique. Les échantillons pour lesquels aucun gain ou perte n'est bien identifié subissent alors une cytométrie en flux pour isoler les chromosomes dérivés. Chaque chromosome dérivé s'hybridera alors à un nouveau microarray, révélant ainsi le point de cassure. Les points de rupture seront confirmés par la technique FISH et les techniques de biologie moléculaire seront bien appliquées pour cloner et séquencer les points de rupture. Les bases de données peuvent être utilisées pour vérifier les gènes situés dans ou autour des points de rupture. Informations requises : Données administratives (3 premières lettres du nom et 2 premières lettres du prénom, date de naissance, identification des parents, consentement éclairé). Données cliniques et biologiques (phénotype, caryotype, autres études génétiques). Résultats attendus : Développement d'une technique rapide et moins coûteuse pour cloner les points de rupture de la translocation, Identification des gènes potentiellement impliqués dans le retard mental et les anomalies du développement embryonnaire, Évaluation de la distribution des différentes causes de retard mental syndromique (translocation déséquilibrée sur microarray, réarrangement supplémentaire sur microarray , perturbation génétique ou cause non identifiée).