Analiza punktu przerwania pozornie zrównoważonych translokacji chromosomowych de Novo

Opóźnienie psychomotoryczne obserwuje się u około 3% populacji ogólnej i ma różne przyczyny: środowiskowe, genetyczne (gen lub chromosom) lub nieznane. Aberracje chromosomalne zidentyfikowano w 15% syndromicznego opóźnienia psychomotorycznego (tj. związany z innym objawem). Zrównoważone translokacje chromosomalne obserwuje się u jednego na 1000 osobników, a tylko 6% pacjentów z pozornie zrównoważonymi translokacjami de novo ma nieprawidłowy fenotyp (Warburton, 1991). Przegląd piśmiennictwa dotyczącego analizy mikromacierzy pozornie zrównoważonych translokacji de novo u pacjentów z opóźnieniem psychomotorycznym ujawnia:* w 40% przypadków: nieprawidłowość niestwierdzoną w kariotypie ani w punktach przerwania translokacji, ani w innym miejscu na kariotypie genomu*, w 60% przypadków: nie stwierdzono żadnych nieprawidłowości przy rozdzielczości do 25 kb (Schluth-Bolard i in., 2009). Techniką zwykle stosowaną do klonowania punktu przerwania i identyfikacji uszkodzonego genu jest „spacer” po chromosomie. Ta technika wykorzystuje sondy fluorescencyjne, takie jak BAC lub PAC, zlokalizowane na pochodnych chromosomach po obu stronach punktów przerwania. Ta technika jest pracochłonna, czasochłonna i kosztowna, ponieważ trzeba sondować wzdłuż chromosomów pochodnych, coraz bliżej punktu przerwania, aby znaleźć sondę zachodzącą na punkt przerwania. Badacze proponują oryginalną, innowacyjną i szybką technikę mapowania punktów przerwania translokacji chromosomów u pacjentów z opóźnieniem psychomotorycznym i bez nieprawidłowości w analizie mikromacierzy. Głównym celem jest opracowanie techniki identyfikacji nowych genów poprzez klonowanie i mapowanie punktów przerwania translokacji chromosomów. Geny te byłyby następnie kandydatami do wyjaśnienia fenotypu pacjenta. Badanie obejmuje okres 24 miesięcy i obejmuje 10 pacjentów. Oceniona zostanie wykonalność tej techniki, a także jej zastosowanie w rutynowej diagnostyce laboratoryjnej. Badanie zostało zatwierdzone przez naszą lokalną Komisję Bioetyczną i jest zgodne z francuskim prawem bioetycznym.Metodologia: Pacjenci zostali dobrze wybrani podczas spotkań personelu, w tym klinicystów i biologów. Należy przeprowadzić wstępną analizę mikromacierzy w celu zidentyfikowania zysku lub utraty materiału genetycznego. Próbki, dla których nie zidentyfikowano żadnego zysku ani straty, są następnie poddawane cytometrii przepływowej w celu wyizolowania pochodnych chromosomów. Każda pochodna studzienka chromosomu jest następnie hybrydyzowana do nowej mikromacierzy, ujawniając w ten sposób punkt przerwania. Punkty przerwania zostaną potwierdzone techniką FISH, a techniki biologii molekularnej zostaną dobrze zastosowane do klonowania i sekwencjonowania punktów przerwania. Bazy danych mogą być dobrze wykorzystane do sprawdzania genów znajdujących się w punktach przerwania lub wokół nich. Wymagane informacje: Dane administracyjne (3 pierwsze litery nazwiska i 2 pierwsze litery imienia, data urodzenia, dane identyfikacyjne rodziców, świadoma zgoda). Dane kliniczne i biologiczne (fenotyp, kariotyp, inne badania genetyczne). Oczekiwane rezultaty: Opracowanie szybkiej i tańszej techniki klonowania punktów przerwania translokacji, Identyfikacja genów potencjalnie zaangażowanych w opóźnienie umysłowe i anomalie rozwoju zarodka, Ocena rozmieszczenia różnych przyczyn syndromicznego opóźnienia umysłowego (translokacja niezrównoważona na mikromacierzy, dodatkowe rearanżacje na mikromacierzy , przerwanie genu lub niezidentyfikowana przyczyna).