Prédisposition génétique aux cardiopathies rhumatismales dans la région du Pacifique

Les chercheurs génotyperont par micropuce environ 300 000 polymorphismes mononucléotidiques (SNP) à l'aide d'échantillons d'ADN de patients atteints de cardiopathie rhumatismale (cas) de Nouvelle-Calédonie et de Fidji, et de membres de la population générale (témoins) de Nouvelle-Calédonie, de Vanuatu et de Fidji. Les enquêteurs effectueront des contrôles de qualité standard sur les données SNP en utilisant des mesures telles que le taux d'appel, l'hétérozygotie, la duplication et la parenté, et excluront les variantes sur la base de l'écart par rapport à l'équilibre de Hardy-Weinberg et de la fréquence des allèles mineurs. Nous imputerons également des variants non présents sur le micro-réseau en référence à la dernière version des données de 1000 génomes et des données de séquence du génome entier de soixante individus mélanésiens de Nouvelle-Calédonie à partir des extrêmes phénotypiques de cette étude.

Les chercheurs mèneront une analyse de découverte en utilisant une approche d'étude d'association à l'échelle du génome se concentrant sur les cas océaniques et les témoins des nations francophones de Nouvelle-Calédonie et de Vanuatu. Cette analyse sera corrigée du biais dû à la stratification de la population à l'aide du modèle linéaire mixte (LMM) et prendra en compte les modèles génétiques additifs, dominants et récessifs. Les enquêteurs effectueront ensuite des tests d'association LMM pour les variants avec une valeur P dans l'analyse de découverte inférieure à 1x10 ^ -5 dans les cas océaniques et les témoins des Fidji et combineront les statistiques d'association par une méta-analyse à effets fixes. Les enquêteurs prendront en compte les variantes ayant des effets significatifs dans la même direction dans les analyses de découverte et de réplication avec une valeur P combinée inférieure à 1x10^-8 pour avoir été répliquées. À moins qu'il n'y ait des preuves claires que les variantes associées sont spécifiques aux populations océaniques, d'autres analyses de réplication pour les variantes associées dans les cas et les témoins d'ascendance indienne des Fidji, ainsi que des individus d'autres ethnies mixtes des Fidji et de la Nouvelle-Calédonie.

Recrutement terminé en décembre 2013. Après réception du financement de la British Heart Foundation, le génotypage et l'analyse commenceront en juillet 2014.