Suscetibilidade genética à doença cardíaca reumática na região do Pacífico

Os investigadores irão genotipar aproximadamente 300.000 polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) usando amostras de DNA de pacientes com doença cardíaca reumática (casos) da Nova Caledônia e Fiji e membros da população em geral (controles) da Nova Caledônia, Vanuatu e Fiji. Os investigadores realizarão verificações de controle de qualidade padrão nos dados SNP usando medidas como taxa de chamada, heterozigosidade, duplicação e parentesco, e excluirão variantes com base no desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg e na frequência de alelos menores. Também imputaremos variantes não presentes no micro-array com referência ao último lançamento de dados de 1000 genomas e dados de sequência de genoma inteiro de sessenta indivíduos melanésios da Nova Caledônia dos extremos fenotípicos neste estudo.

Os investigadores conduzirão uma análise de descoberta usando uma abordagem de estudo de associação em todo o genoma com foco em casos oceânicos e controles das nações francófonas da Nova Caledônia e Vanuatu. Esta análise será corrigida para viés devido à estratificação populacional usando o Modelo Linear Misto (LMM) e considerará modelos genéticos aditivos, dominantes e recessivos. Os investigadores realizarão testes de associação LMM para variantes com valor P na análise de descoberta inferior a 1x10^-5 em casos e controles da Oceanic de Fiji e combinarão as estatísticas de associação por meta-análise de efeitos fixos. Os investigadores considerarão variantes com efeitos significativos na mesma direção em análises de descoberta e replicação com valor P combinado inferior a 1x10^-8 como replicadas. A menos que haja evidências claras de que variantes associadas são específicas de populações oceânicas, análises adicionais de replicação para variantes associadas em casos e controles de descendentes de índios de Fiji, bem como indivíduos de outras etnias mistas de Fiji e Nova Caledônia.

Recrutamento concluído em dezembro de 2013. Após o recebimento do financiamento da British Heart Foundation, a genotipagem e a análise começarão em julho de 2014.