Genetische gevoeligheid voor reumatische hartziekte in de Pacific-regio

De onderzoekers zullen ongeveer 300.000 single nucleotide polymorphisms (SNP) genotyperen met behulp van DNA-monsters van patiënten met reumatische hartziekte (gevallen) uit Nieuw-Caledonië en Fiji, en leden van de algemene bevolking (controles) uit Nieuw-Caledonië, Vanuatu en Fiji. De onderzoekers zullen standaard kwaliteitscontrolecontroles uitvoeren op de SNP-gegevens met behulp van maatregelen zoals call rate, heterozygositeit, duplicatie en verwantschap, en varianten uitsluiten op basis van afwijking van Hardy-Weinberg-evenwicht en kleine allelfrequentie. We zullen ook varianten toerekenen die niet aanwezig zijn op de micro-array met verwijzing naar de laatste release van 1000 Genomes-gegevens en volledige genoomsequentiegegevens van zestig Melanesische individuen uit Nieuw-Caledonië uit de fenotypische extremen in deze studie.

De onderzoekers zullen een ontdekkingsanalyse uitvoeren met behulp van een genoombrede associatiestudiebenadering die zich richt op Oceanische gevallen en controles uit de Franstalige landen Nieuw-Caledonië en Vanuatu. Deze analyse zal worden gecorrigeerd voor vertekening als gevolg van populatiestratificatie met behulp van het Linear Mixed Model (LMM) en rekening houden met additieve, dominante en recessieve genetische modellen. De onderzoekers zullen vervolgens LMM-associatietesten uitvoeren voor varianten met een P-waarde in de ontdekkingsanalyse van minder dan 1x10^-5 in Oceanische gevallen en controles uit Fiji en de associatiestatistieken combineren door meta-analyse met vaste effecten. De onderzoekers zullen varianten met significante effecten in dezelfde richting overwegen in ontdekkings- en replicatieanalyses met een gecombineerde P-waarde van minder dan 1x10^-8 om te hebben gerepliceerd. Tenzij er duidelijk bewijs is dat geassocieerde varianten specifiek zijn voor Oceanische populaties, verdere replicatieanalyses voor geassocieerde varianten in gevallen en controles van Indiase afkomst uit Fiji, evenals individuen van andere en gemengde etniciteiten uit zowel Fiji als Nieuw-Caledonië.

Werving voltooid in december 2013. Na ontvangst van de financiering van de British Heart Foundation, zal genotypering en analyse in juli 2014 beginnen.