Suscettibilità genetica alla cardiopatia reumatica nella regione del Pacifico

Gli investigatori eseguiranno il genotipo di microarray di circa 300.000 polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) utilizzando campioni di DNA di pazienti con cardiopatia reumatica (casi) della Nuova Caledonia e Fiji e membri della popolazione generale (controlli) della Nuova Caledonia, Vanuatu e Fiji. Gli investigatori eseguiranno controlli di qualità standard sui dati SNP utilizzando misure come tasso di chiamata, eterozigosi, duplicazione e parentela ed escluderanno le varianti sulla base della deviazione dall'equilibrio di Hardy-Weinberg e dalla frequenza allelica minore. Imputeremo anche varianti non presenti sul micro-array con riferimento all'ultima versione di 1000 Genomes data e dati di sequenza dell'intero genoma da sessanta individui melanesiani della Nuova Caledonia dagli estremi fenotipici in questo studio.

I ricercatori condurranno un'analisi della scoperta utilizzando un approccio di studio di associazione su tutto il genoma incentrato su casi e controlli oceanici delle nazioni francofone della Nuova Caledonia e di Vanuatu. Questa analisi sarà corretta per i bias dovuti alla stratificazione della popolazione utilizzando il Linear Mixed Model (LMM) e considererà modelli genetici additivi, dominanti e recessivi. Gli investigatori eseguiranno quindi test di associazione LMM per varianti con valore P nell'analisi della scoperta inferiore a 1x10 ^ -5 nei casi oceanici e nei controlli delle Fiji e combineranno le statistiche di associazione mediante meta-analisi a effetti fissi. Gli investigatori prenderanno in considerazione le varianti con effetti significativi nella stessa direzione nelle analisi di scoperta e replica con valore P combinato inferiore a 1x10 ^ -8 da replicare. A meno che non vi sia una chiara evidenza che le varianti associate siano specifiche delle popolazioni oceaniche, ulteriori analisi di replica per le varianti associate nei casi e nei controlli di discendenza indiana dalle Fiji, nonché individui di altre etnie miste sia dalle Fiji che dalla Nuova Caledonia.

Reclutamento completato nel dicembre 2013. Dopo aver ricevuto il finanziamento dalla British Heart Foundation, la genotipizzazione e l'analisi inizieranno a luglio 2014.