Genetische Anfälligkeit für rheumatische Herzerkrankungen im pazifischen Raum

Die Forscher werden ungefähr 300.000 Einzelnukleotidpolymorphismen (SNP) mittels Mikroarray genotypisieren. Dazu werden DNA-Proben von Patienten mit rheumatischer Herzerkrankung (Fälle) aus Neukaledonien und Fidschi sowie Mitgliedern der Allgemeinbevölkerung (Kontrollen) aus Neukaledonien, Vanuatu und Fidschi verwendet. Die Forscher führen standardmäßige Qualitätskontrollprüfungen der SNP-Daten durch, indem sie Maßnahmen wie Call-Rate, Heterozygotie, Duplikation und Verwandtschaft verwenden und Varianten auf der Grundlage von Abweichungen vom Hardy-Weinberg-Gleichgewicht und der Häufigkeit kleinerer Allele ausschließen. Wir werden auch Varianten, die nicht auf dem Mikroarray vorhanden sind, unter Bezugnahme auf die neueste Veröffentlichung von 1000-Genomdaten und Gesamtgenomsequenzdaten von sechzig melanesischen Individuen aus Neukaledonien aus den phänotypischen Extremen dieser Studie unterstellen.

Die Forscher werden eine Entdeckungsanalyse unter Verwendung eines genomweiten Assoziationsstudienansatzes durchführen, der sich auf ozeanische Fälle und Kontrollen aus den französischsprachigen Ländern Neukaledonien und Vanuatu konzentriert. Diese Analyse wird anhand des linearen gemischten Modells (LMM) auf Verzerrungen aufgrund der Bevölkerungsschichtung korrigiert und berücksichtigt additive, dominante und rezessive genetische Modelle. Anschließend führen die Forscher LMM-Assoziationstests für Varianten mit einem P-Wert in der Entdeckungsanalyse von weniger als 1x10^-5 in ozeanischen Fällen und Kontrollen aus Fidschi durch und kombinieren die Assoziationsstatistiken durch Metaanalyse mit festen Effekten. Die Forscher werden Varianten mit signifikanten Auswirkungen in die gleiche Richtung in Entdeckungs- und Replikationsanalysen mit einem kombinierten P-Wert von weniger als 1x10^-8 als repliziert betrachten. Sofern es keine eindeutigen Beweise dafür gibt, dass assoziierte Varianten spezifisch für ozeanische Populationen sind, werden weitere Replikationsanalysen für assoziierte Varianten in Fällen und Kontrollen indischer Abstammung aus Fidschi sowie bei Individuen anderer und gemischter Ethnien aus Fidschi und Neukaledonien durchgeführt.

Die Rekrutierung wurde im Dezember 2013 abgeschlossen. Nach Erhalt der Finanzierung durch die British Heart Foundation wird im Juli 2014 mit der Genotypisierung und Analyse begonnen.