Identification quantitative de la réceptivité à l'implantation par analyse du transcriptome unicellulaire

Les implantations d'embryons réussies pour la fécondation in vitro nécessitent à la fois des embryons sains et un endomètre réceptif. La fenêtre d'implantation (WOI), au cours de laquelle l'endomètre atteint l'état réceptif, varie selon les individus. Les déplacements de WOI ont été rapportés comme étant une cause majeure d'échecs d'implantation répétés. Cependant, une métrique de diagnostic fiable pour évaluer l'état réceptif de l'endomètre fait défaut. La proposition de cette étude est d'utiliser l'ARN unicellulaire seq et des outils bioinformatiques pour développer une plate-forme à haute résolution pour caractériser les activités de l'endomètre et pour mesurer l'état réceptif de l'endomètre de manière non invasive.

Le premier objectif est de développer un pipeline expérimental pour générer des données d'ARN-seq unicellulaires de haute qualité à partir de biopsies endométriales et de liquide endométrial de patientes en bonne santé tout au long du cycle menstruel à chacune de ces étapes : proliférative précoce (EP ; jours 0-8), tardive proliférative (LP ; jours 9-14), sécrétoire précoce (ES ; jours 15-18), mi-sécrétoire ou réceptive (MS ; jours 19-23) et sécrétoire tardive (LS ; jours 24-30). Ces tissus seront dissociés mécaniquement et enzymatiquement et soumis à un tri microfluidique, à une amplification et à une analyse du transcriptome unicellulaire. Ces données fourniront les premières données unicellulaires à l'échelle du transcriptome sur divers types de cellules de l'endomètre humain.

Deuxièmement, cette étude vise à établir des modèles algorithmiques pour distinguer les populations épithéliales et stromales de manière informatique, sans qu'il soit nécessaire de purifier au préalable les populations d'intérêt. Cela permettra l'analyse du transcriptome à partir de populations mixtes de cellules.

Enfin, évaluer l'utilisation du liquide endométrial comme source alternative pour le diagnostic de la réceptivité en analysant le profil transcriptome de cellules individuelles du liquide endométrial prélevé sur des patientes humaines à différents stades menstruels. Ces signatures seront également comparées et corrélées avec des signatures obtenues à partir de biopsies, ce qui nous aidera à mieux comprendre les événements biologiques qui conduisent à l'apparition de ces cellules dans le liquide endométrial et à évaluer le potentiel d'étendre leur utilisation pour le diagnostic d'autres conditions de l'endomètre.