Kvantitativ identifikasjon av implantasjonsmottakelse ved enkeltcellet transkriptomanalyse

Vellykkede embryoimplantasjoner for in vitro fertilisering krever både friske embryoer og et mottakelig endometrium. Vinduet for implantasjon (WOI), hvor endometrium når mottakelig tilstand, varierer mellom individer. Forskyvninger av WOI er rapportert å være en hovedårsak til gjentatte implantasjonsfeil. Imidlertid mangler en pålitelig diagnostisk beregning for å evaluere endometriereseptiv status. Forslaget med denne studien er å bruke encellet RNA-seq og bioinformatikkverktøy for å utvikle en høyoppløselig plattform for å karakterisere endometriumaktiviteter og for å måle endometriereseptiv tilstand på en ikke-invasiv måte.

Første mål er å utvikle en eksperimentell pipeline for å generere høykvalitets enkeltcellede RNA-seq-data fra endometriebiopsier og endometrievæske fra friske pasienter gjennom menstruasjonssyklusen på hvert av disse stadiene: tidlig proliferativ (EP; dag 0-8), sent proliferativ (LP; dag 9-14), tidlig sekretorisk (ES; dag 15-18), mid-sekretorisk eller mottakelig (MS; dag 19-23) og sen sekretorisk (LS; dag 24-30). Disse vevene vil bli dissosiert mekanisk og enzymatisk og utsatt for mikrofluidisk sortering, enkeltcellet transkriptomamplifisering og analyse. Disse dataene vil gi de første transkriptomomfattende enkeltcelledata fra forskjellige celletyper av det menneskelige endometrium.

For det andre ser denne studien på å etablere algoritmiske modeller for å skille epitel- og stromapopulasjoner informatisk, uten å først rense populasjoner av interesse. Dette vil muliggjøre transkriptomanalyse fra blandede populasjoner av celler.

Evaluer til slutt bruken av endometrievæske som en alternativ kilde for mottakelighetsdiagnose ved å analysere transkriptomprofilen til enkeltceller fra endometrievæske samlet inn fra menneskelige pasienter ved forskjellige menstruasjonsstadier. Disse signaturene vil også bli sammenlignet og korrelert med signaturer hentet fra biopsier, noe som vil hjelpe oss bedre å forstå de biologiske hendelsene som fører til forekomsten av disse cellene i endometrievæsken og evaluere potensialet for å utvide bruken av dem for diagnostisering av andre endometriumtilstander.