Methyl-qPCR : un nouveau marqueur prédictif des lymphoproliférations associées au virus d'Epstein-Barr lors d'une allogreffe de cellules souches hématopoïétiques (EBVALLO)

Contexte scientifique

Le virus d'Epstein-Barr a un rôle causal dans la pathogenèse de multiples lymphomes distincts. Les maladies lymphoprolifératives post-transplantation (PTLD) sont les proliférations induites par l'EBV les plus fréquentes. Le PTLD après allogreffe de cellules souches a une incidence inférieure à 5 % mais peut augmenter jusqu'à 10-20 % chez les patients présentant des facteurs de risque établis. L'EBV-ADNémie est prédictive de l'EBV-PTLD et est systématiquement réalisée à l'aide de la qPCR sur sang total. Des stratégies thérapeutiques préventives avec des anticorps anti-CD20 sont utilisées lorsque les patients sont au-dessus d'un seuil défini d'EBV-ADNémie. Cette approche reste limitée car elle ne discrimine pas une lymphoprolifération induite par l'EBV (cycle latent) et/ou un virus se répliquant (cycle réplicatif).

Les modifications épigénétiques jouent un rôle central dans la régulation du passage de l'expression latente à l'expression lytique des gènes. Des modifications spécifiques de l'ADN peuvent être considérées comme des signatures moléculaires pour les génomes de l'EBV associées au statut de l'infection virale (latente vs lytique). En conséquence, ces signatures peuvent être envisagées comme un outil puissant pour caractériser l'état de l'infection virale in vivo.

Description du projet Notre objectif principal est d'estimer les pourcentages respectifs de génomes EBV-lytiques et EBV-latentes (cellules proliférantes) chez des patients présentant une forte EBV-ADNémie après greffe allogénique de cellules souches GCSH en analysant les modifications épigénétiques du génome d'EBV sur sites spécifiques. Nos objectifs secondaires sont i) de déterminer les facteurs de risque associés à chaque profil « EBV latent versus lytique » et ii) de corréler les profils « EBV latent versus lytique » avec la réponse à la perfusion de rituximab et les résultats des patients.

A cet effet, une étude rétrospective (n=80) et une étude prospective (estimation n=58) seront mises en place. Les différentes étapes de ce projet sont :

1. Étudier les modifications épigénétiques. Le laboratoire développe une nouvelle approche pour distinguer les génomes latents et lytiques.
2. Réaliser l'analyse quantitative par RT-PCR de différents transcrits EBV spécifiques de la phase latente ou lytique du virus Cette méthode sera appliquée sur des ARN extraits d'échantillons sanguins de patients à charge virale EBV élevée, dans des conditions préservant l'intégrité de l'ARN. Les résultats seront validés sur une cohorte prospective de patients GCSH (n=58) (Hôpital Saint-Antoine et Hôpital La Pitié-Salpêtrière).
3. Effectuer une analyse quantitative des génomes de l'EBV dans le plasma, la salive et les échantillons de sang total par les procédures de routine actuelles En plus des échantillons de sang total, le plasma et la salive seront collectés car les particules virales libres sont connues pour s'accumuler dans ces fluides biologiques lors de la réactivation de l'EBV. Ces échantillons seront traités par des procédures normalisées qui sont couramment utilisées dans le laboratoire de virologie médicale pour quantifier l'EBV dans des échantillons humains.

Résultats attendus En établissant une méthode simple pour étudier les modifications épigénétiques des génomes d'EBV, nous espérons comprendre l'importance d'une charge virale élevée d'EBV et la physiopathologie des PTLD post-HSCT. Notre objectif est de distinguer les profils latents / lytiques des patients HSCT et de corréler leurs risques respectifs de développer un PTLD. L'établissement du profil épigénétique de l'EBV dans le contexte post-HSCT face à l'augmentation de la charge virale et au PTLD améliorera notre compréhension des mécanismes biologiques déterminant le statut EBV après la HSCT. Cela devrait améliorer les principaux problèmes médicaux et économiques. Ces résultats pourraient avoir un impact thérapeutique majeur