Metil-qPCR: un nuovo marcatore predittivo per le linfoproliferazioni associate al virus di Epstein-Barr durante il trapianto allogenico di cellule staminali ematopoietiche (EBVALLO)

Contesto scientifico

Il virus di Epstein-Barr ha un ruolo causale nella patogenesi di più linfomi distinti. Le malattie linfoproliferative post-trapianto (PTLD) sono le più frequenti proliferazioni indotte da EBV. PTLD dopo trapianto di cellule staminali allogeniche ha un'incidenza inferiore al 5% ma può aumentare fino al 10-20% nei pazienti con fattori di rischio accertati. EBV-DNAemia è predittiva di EBV-PTLD e viene eseguita di routine utilizzando qPCR su sangue intero. Le strategie terapeutiche preventive con anticorpi anti-CD20 vengono utilizzate quando i pazienti sono al di sopra di una soglia definita di EBV-DNAemia. Questo approccio rimane limitato poiché non discrimina tra una linfoproliferazione indotta da EBV (ciclo latente) e/o un virus replicante (ciclo replicativo).

Le modificazioni epigenetiche svolgono un ruolo centrale nella regolazione del passaggio dall'espressione genica latente a quella litica. Modifiche specifiche del DNA possono essere considerate firme molecolari per i genomi di EBV associate allo stato dell'infezione virale (latente vs litico). Di conseguenza, queste firme possono essere considerate un potente strumento per caratterizzare lo stato dell'infezione virale in vivo.

Descrizione del progetto Il nostro obiettivo primario è stimare le rispettive percentuali di genoma EBV-litico ed EBV-latente (cellule proliferanti) in pazienti che presentano un'elevata EBV-DNAemia dopo trapianto allogenico di cellule staminali HSCT analizzando le modificazioni epigenetiche del genoma EBV su siti specifici. I nostri obiettivi secondari sono i) determinare i fattori di rischio associati a ciascun profilo "EBV latente rispetto a litico" e ii) correlare i profili "EBV latente rispetto a litico" con la risposta all'infusione di rituximab e gli esiti del paziente.

A tal fine, verranno stabiliti uno studio retrospettivo (n=80) e uno studio prospettico (stima n=58). Le diverse fasi di questo progetto sono:

1. Studiare le modificazioni epigenetiche. Il laboratorio sta sviluppando un nuovo approccio per distinguere tra genoma latente e litico.
2. Per realizzare l'analisi quantitativa mediante RT-PCR di diversi trascritti di EBV specifici della fase latente o litica del virus. Questo metodo sarà applicato su RNA estratto da campioni di sangue di pazienti con elevata carica virale di EBV, a condizione di preservare l'integrità dell'RNA. I risultati saranno convalidati su una coorte prospettica di pazienti HSCT (n=58) (Ospedale Saint-Antoine e Ospedale La Pitié-Salpêtrière).
3. Eseguire l'analisi quantitativa dei genomi di EBV in plasma, saliva e campioni di sangue totale mediante le attuali procedure di routine Oltre ai campioni di sangue totale, plasma e saliva saranno raccolti poiché è noto che particelle virali libere si accumulano in questi fluidi biologici dopo la riattivazione di EBV. Questi campioni saranno trattati con procedure normalizzate che vengono abitualmente utilizzate nel laboratorio di virologia medica per quantificare l'EBV nei campioni umani.

Risultati attesi Stabilendo un metodo semplice per studiare le modificazioni epigenetiche dei genomi di EBV, ci aspettiamo di comprendere il significato dell'elevata carica virale di EBV e la fisiopatologia del PTLD post-HSCT. Miriamo a distinguere tra i profili latenti / litici dei pazienti HSCT e a correlare i rispettivi rischi per lo sviluppo di PTLD. Stabilire il profilo epigenetico dell'EBV nel contesto post-HSCT di fronte all'aumento della carica virale e del PTLD migliorerà la nostra comprensione dei meccanismi biologici che determinano lo stato dell'EBV nel post-HSCT. Ciò dovrebbe migliorare le principali questioni mediche ed economiche. Questi risultati potrebbero avere un importante valore terapeutico