Methyl-qPCR: en ny prædiktiv markør for Epstein-Barr-virus-associerede lymfoproliferationer under allogen hæmatopoietisk stamcelletransplantation (EBVALLO)

Videnskabelig kontekst

Epstein-Barr-virus har en kausal rolle i patogenesen af ​​flere forskellige lymfomer. Post-transplantation lymfoproliferative sygdomme (PTLD) er de hyppigste EBV-inducerede proliferationer. PTLD efter allogen stamcelletransplantation har en incidens lavere end 5%, men kan stige op til 10-20% hos patienter med etablerede risikofaktorer. EBV-DNAæmi er prædiktiv for EBV-PTLD og udføres rutinemæssigt ved hjælp af qPCR på fuldblod. Forebyggende terapeutiske strategier med anti-CD20-antistof anvendes, når patienter er over en defineret EBV-DNAæmi-tærskel. Denne tilgang forbliver begrænset, da den ikke skelner mellem en EBV-induceret lymfoproliferation (latent cyklus) og/eller en replikerende virus (replikativ cyklus).

Epigenetiske modifikationer spiller en central rolle i reguleringen af ​​skiftet fra latent til lytisk genekspression. Specifikke DNA-modifikationer kan betragtes som molekylære signaturer for EBV-genomer forbundet med status for den virale infektion (latent vs lytisk). Følgelig kan disse signaturer forestilles som et potent værktøj til at karakterisere tilstanden af ​​den virale infektion in vivo.

Beskrivelse af projektet Vores primære mål er at estimere de respektive procenter af EBV-lytiske og EBV-latente genomer (prolifererende celler) hos patienter med høj EBV-DNAæmi efter allogen stamcelletransplantation HSCT ved at analysere de epigenetiske modifikationer af EBV-genomet på specifikke websteder. Vores sekundære mål er i) at bestemme risikofaktorer forbundet med hver "latent versus lytisk EBV"-profil og ii) at korrelere de "latente versus lytisk EBV"-profiler med respons på rituximab-infusion og patientresultater.

Til dette formål etableres en retrospektiv undersøgelse (n=80) og en prospektiv undersøgelse (estimering n=58). De forskellige trin i dette projekt er:

1. At studere epigenetiske modifikationer. Laboratoriet udvikler en ny tilgang til at skelne mellem latente og lytiske genomer.
2. At realisere kvantitativ analyse ved RT-PCR af forskellige EBV-transkripter, der er specifikke for den latente eller af den lytiske fase af virussen. Denne metode vil blive anvendt på RNA ekstraheret fra patientblodprøver med forhøjet EBV-virusbelastning, under bevaring af RNA-integriteten. Resultaterne vil blive valideret på en prospektiv kohorte af HSCT-patienter (n=58) (Saint-Antoine Hospital og La Pitié-Salpêtrière Hospital).
3. At udføre kvantitativ analyse af EBV-genomer i plasma-, spyt- og totale blodprøver ved hjælp af nuværende rutineprocedurer Ud over de samlede blodprøver vil plasma og spyt blive opsamlet, da frie virale partikler vides at akkumulere i disse biologiske væsker ved EBV-reaktivering. Disse prøver vil blive behandlet ved normaliserede procedurer, der rutinemæssigt anvendes i det medicinske virologiske laboratorium til at kvantificere EBV i humane prøver.

Forventede resultater Ved at etablere en simpel metode til at studere epigenetiske modifikationer af EBV-genomer forventer vi at forstå betydningen af ​​høj EBV viral belastning og patofysiologien af ​​post-HSCT PTLD. Vi sigter mod at skelne mellem de latente/lytiske profiler af HSCT-patienter og at korrelere deres respektive risici for at udvikle PTLD. Etablering af den epigenetiske EBV-profil i post-HSCT-indstillingen, når vi står over for øget viral belastning og PTLD, vil forbedre vores forståelse af de biologiske mekanismer, der bestemmer EBV-status i post-HSCT. Dette skulle forbedre store medicinske og økonomiske problemer. Disse resultater kan have en stor terapeutisk effekt