Methyl-qPCR: en ny prediktiv markør for Epstein-Barr-virus-assosierte lymfoproliferasjoner under allogen hematopoietisk stamcelletransplantasjon (EBVALLO)

Vitenskapelig kontekst

Epstein-Barr-virus har en kausal rolle i patogenesen av flere forskjellige lymfomer. Post-transplanterte lymfoproliferative sykdommer (PTLD) er de hyppigste EBV-induserte proliferasjonene. PTLD etter allogen stamcelletransplantasjon har en insidens lavere enn 5 %, men kan øke opptil 10-20 % hos pasienter med etablerte risikofaktorer. EBV-DNAemi er prediktiv for EBV-PTLD og utføres rutinemessig ved bruk av qPCR på fullblod. Forebyggende terapeutiske strategier med anti-CD20-antistoff brukes når pasienter er over en definert EBV-DNAemi-terskel. Denne tilnærmingen forblir begrenset siden den ikke skiller mellom en EBV-indusert lymfoproliferasjon (latent syklus) og/eller et replikerende virus (replikativ syklus).

Epigenetiske modifikasjoner spiller en sentral rolle i å regulere overgangen fra latent til lytisk genuttrykk. Spesifikke DNA-modifikasjoner kan betraktes som molekylære signaturer for EBV-genomer assosiert med statusen til virusinfeksjonen (latent vs lytisk). Følgelig kan disse signaturene tenkes som et potent verktøy for å karakterisere tilstanden til virusinfeksjonen in vivo.

Beskrivelse av prosjektet Vårt primære mål er å estimere de respektive prosentene av EBV-lytiske og EBV-latente genomer (prolifererende celler) hos pasienter med høy EBV-DNAemi etter allogen stamcelletransplantasjon HSCT ved å analysere de epigenetiske modifikasjonene av EBV-genomet på bestemte nettsteder. Våre sekundære mål er i) å bestemme risikofaktorer assosiert med hver "latent versus lytisk EBV"-profil og ii) å korrelere "latent versus lytisk EBV"-profiler med respons på rituximab-infusjon og pasientutfall.

For dette formålet vil det etableres en retrospektiv studie (n=80) og en prospektiv studie (estimat n=58). De ulike trinnene i dette prosjektet er:

1. For å studere epigenetiske modifikasjoner. Laboratoriet utvikler en ny tilnærming for å skille mellom latent og lytisk genom.
2. Å realisere kvantitativ analyse ved RT-PCR av forskjellige EBV-transkripsjoner som er spesifikke for den latente eller av den lytiske fasen av viruset. Denne metoden vil bli brukt på RNA ekstrahert fra pasientblodprøver med forhøyet EBV-virusmengde, under betingelser som bevarer RNA-integriteten. Resultatene vil bli validert på en prospektiv kohort av HSCT-pasienter (n=58) (Saint-Antoine Hospital og La Pitié-Salpêtrière Hospital).
3. For å utføre kvantitativ analyse av EBV-genomer i plasma, spytt og totale blodprøver ved gjeldende rutineprosedyrer I tillegg til totale blodprøver, vil plasma og spytt samles inn siden frie virale partikler er kjent for å samle seg i disse biologiske væskene ved EBV-reaktivering. Disse prøvene vil bli behandlet med normaliserte prosedyrer som rutinemessig brukes i det medisinske virologilaboratoriet for å kvantifisere EBV i humane prøver.

Forventede resultater Ved å etablere en enkel metode for å studere epigenetiske modifikasjoner av EBV-genomer, forventer vi å forstå betydningen av høy EBV-viral belastning og patofysiologien til post-HSCT PTLD. Vi tar sikte på å skille mellom de latente / lytiske profilene til HSCT-pasienter og å korrelere deres respektive risikoer for å utvikle PTLD. Etablering av den epigenetiske EBV-profilen i post-HSCT-innstillingen når vi møter økt viral belastning og PTLD, vil forbedre vår forståelse av de biologiske mekanismene som bestemmer EBV-status i post-HSCT. Dette bør forbedre store medisinske og økonomiske problemer. Disse resultatene kan ha en stor terapeutisk effekt