Methyl-qPCR: nový prediktivní marker pro lymfoproliferace spojené s virem Epstein-Barrové během alogenní transplantace hematopoetických kmenových buněk (EBVALLO)

Vědecký kontext

Virus Epstein-Barrové má kauzální roli v patogenezi mnohočetných odlišných lymfomů. Potransplantační lymfoproliferativní onemocnění (PTLD) jsou nejčastější proliferace vyvolané EBV. PTLD po alogenní transplantaci kmenových buněk má incidenci nižší než 5 %, ale u pacientů s prokázanými rizikovými faktory se může zvýšit až na 10–20 %. EBV-DNAemie je prediktivní pro EBV-PTLD a je rutinně prováděna pomocí qPCR na plné krvi. Preemptivní terapeutické strategie s anti-CD20 protilátkou se používají, když jsou pacienti nad definovaným prahem EBV-DNAemie. Tento přístup zůstává omezený, protože nerozlišuje mezi EBV-indukovanou lymfoproliferací (latentní cyklus) a/nebo replikujícím se virem (replikační cyklus).

Epigenetické modifikace hrají ústřední roli v regulaci přechodu z latentní na lytickou genovou expresi. Specifické modifikace DNA lze považovat za molekulární signatury pro genomy EBV spojené se stavem virové infekce (latentní versus lytická). V souladu s tím lze tyto signatury považovat za účinný nástroj pro charakterizaci stavu virové infekce in vivo.

Popis projektu Naším primárním cílem je odhadnout příslušná procenta EBV-lytických a EBV-latentních genomů (proliferujících buněk) u pacientů s vysokou EBV-DNAémií po alogenní transplantaci kmenových buněk HSCT analýzou epigenetických modifikací genomu EBV na konkrétní stránky. Naším sekundárním cílem je i) určit rizikové faktory spojené s každým „latentním versus lytickým EBV" profily a ii) korelovat „latentní versus lytický EBV" profily s odpovědí na infuzi rituximabu a výsledky pacientů.

Za tímto účelem bude vytvořena retrospektivní studie (n=80) a prospektivní studie (odhad n=58). Různé kroky tohoto projektu jsou:

1. Studovat epigenetické modifikace. Laboratoř vyvíjí nový přístup k rozlišení mezi latentním a lytickým genomem.
2. Provedení kvantitativní analýzy pomocí RT-PCR různých EBV transkriptů specifických pro latentní nebo lytickou fázi viru. Tato metoda bude aplikována na RNA extrahovanou ze vzorků krve pacientů se zvýšenou virovou náloží EBV za podmínek zachování integrity RNA. Výsledky budou validovány na prospektivní kohortě pacientů s HSCT (n=58) (Saint-Antoine Hospital a La Pitié-Salpêtrière Hospital).
3. Provedení kvantitativní analýzy genomů EBV ve vzorcích plazmy, slin a celkové krve současnými rutinními postupy Kromě všech vzorků krve bude odebrána plazma a sliny, protože je známo, že se volné virové částice akumulují v těchto biologických tekutinách po reaktivaci EBV. Tyto vzorky budou ošetřeny normalizovanými postupy, které se běžně používají v lékařské virologické laboratoři ke kvantifikaci EBV v lidských vzorcích.

Očekávané výsledky Zavedením jednoduché metody pro studium epigenetických modifikací genomů EBV očekáváme, že pochopíme význam vysoké virové nálože EBV a patofyziologii post-HSCT PTLD. Naším cílem je rozlišit mezi latentními / lytickými profily pacientů s HSCT a korelovat jejich příslušná rizika pro rozvoj PTLD. Stanovení epigenetického profilu EBV v situaci po HSCT, když čelíme zvýšené virové zátěži a PTLD, zlepší naše chápání biologických mechanismů určujících stav EBV po HSCT. To by mělo zlepšit hlavní medicínské a ekonomické problémy. Tyto výsledky by mohly mít významný terapeutický účinek