Dépistage non invasif de la trisomie 21 fœtale par PCR numérique (dPNI-T21)

En France, comme dans de nombreux pays du monde, la trisomie 21 ou trisomie 21 (DS) fait l'objet d'un dépistage anténatal basé sur un calcul de risque (R) incluant le dosage de marqueurs biochimiques dans le sang maternel, et la mesure d'une paramètre échographique fœtal (clarté nucale). Dans la population de femmes enceintes dites à haut risque (R > 1/250), la confirmation du diagnostic de DS est faite par prélèvement invasif (biopsie de trophoblaste ou amniocentèse), qui permet l'établissement du caryotype fœtal. Outre une sensibilité limitée (80 à 85% selon les techniques), ce dépistage est un facteur d'anxiété (8% de faux positifs), et des fausses couches de fœtus euploïdes (caryotype normal) dans 1% des cas (procédés invasifs).

Le plasma d'une femme enceinte contient un mélange d'ADN libre d'origine maternelle (90%) et fœtale (cffDNA pour cell free fetal DNA) (environ 10%, mais cette proportion augmente en cas de trisomie 21 fœtale. La proportion de cffDNA est suffisante pour étudier qualitativement et quantitativement des marqueurs génétiques spécifiques d'une paire de chromosomes. Il est donc possible d'évaluer la quantité de marqueurs chromosomiques d'intérêt par rapport à un marqueur chromosomique de référence, et de calculer un ratio marqueur/marqueur d'intérêt, théoriquement identique pour tous les autosomes (chromosomes 1 à 22) au cours de la grossesse euploïde. En cas d'aneuploïdie fœtale (par exemple, trisomie 21), ce rapport est déséquilibré pour la paire chromosomique concernée.

Les progrès technologiques, tels que le séquençage de masse à haut débit (MPS) et la PCR numérique (dPCR), permettent désormais d'envisager le diagnostic de SD maternel fœtal grâce à l'étude de l'ADNcff. Plusieurs équipes ont déjà publié sur ce sujet avec la technique MPS, appliquée directement sur l'ADN libre du plasma maternel, ou après une étape d'isolement de l'ADNcff. Il s'agit de séquencer les fragments d'ADN présents dans l'échantillon et de les replacer sur leur chromosome d'origine. En cas de trisomie 21 fœtale, on cherche à mettre en évidence un excès de séquences issues du chromosome 21. Ces techniques nécessitent du matériel coûteux (séquenceur, plateforme bioinformatique, serveurs) et un temps technique et d'analyse important (souvent plusieurs jours pour un seul run). Concernant la recherche des aneuploïdies par PCR numérique (dPCR), peu de publications sont aujourd'hui dues à l'absence d'instruments suffisamment performants jusqu'à récemment. Le DPCR est moins cher.