Nieinwazyjne badanie przesiewowe płodowej trisomii 21 za pomocą cyfrowego PCR (dPNI-T21)

We Francji, podobnie jak w wielu krajach świata, trisomia 21 lub zespół Downa (ZD) jest przedmiotem badań prenatalnych opartych na kalkulacji ryzyka (R) obejmującej oznaczenie markerów biochemicznych we krwi matki oraz pomiar parametr USG płodu (przezierność karku). W populacji ciężarnych zaliczanych do grupy wysokiego ryzyka (R> 1/250) potwierdzenie rozpoznania DS uzyskuje się poprzez inwazyjne pobranie materiału (biopsja trofoblastu lub amniopunkcja), co pozwala na określenie kariotypu płodu. Oprócz ograniczonej czułości (80 do 85% w zależności od techniki), to badanie przesiewowe jest czynnikiem lękowym (8% wyników fałszywie dodatnich), a poronienia płodów euploidalnych (prawidłowy kariotyp) w 1% przypadków (zabiegi inwazyjne).

Osocze kobiety w ciąży zawiera mieszaninę wolnego DNA pochodzenia matczynego (90%) i płodowego (cffDNA dla wolnego od komórek DNA płodu) (około 10%, ale proporcja ta wzrasta w przypadku trisomii płodu 21. Proporcja cffDNA jest wystarczająca do jakościowego i ilościowego badania specyficznych markerów genetycznych pary chromosomów. Możliwe jest zatem oszacowanie liczby chromosomów markerowych będących przedmiotem zainteresowania w stosunku do chromosomu referencyjnego i obliczenie stosunku marker/marker, teoretycznie identycznego dla wszystkich autosomów (chromosomy 1 do 22) podczas ciąży euploidalnej. W przypadku aneuploidii płodu (na przykład trisomii 21) stosunek ten jest niezrównoważony dla zaangażowanej pary chromosomów.

Postępy technologiczne, takie jak wysokoprzepustowe sekwencjonowanie masowe (MPS) i cyfrowy PCR (dPCR), umożliwiają obecnie rozważenie diagnozy matczynego DS płodu poprzez badanie cffDNA. Kilka zespołów opublikowało już na ten temat publikacje dotyczące techniki MPS, stosowanej bezpośrednio do wolnego DNA z matczynego osocza lub po etapie izolacji cffDNA. Obejmuje to sekwencjonowanie fragmentów DNA obecnych w próbce i umieszczanie ich z powrotem na ich oryginalnym chromosomie. W przypadku płodowej trisomii 21 dąży się do udowodnienia nadmiaru sekwencji z chromosomu 21. Techniki te wymagają drogiego sprzętu (sekwencer, platforma bioinformatyczna, serwery) oraz czasu technicznego i ważnych analiz (często kilku dni na pojedyncze uruchomienie). Jeśli chodzi o badanie aneuploidii za pomocą cyfrowej PCR (dPCR), niewiele publikacji jest dziś spowodowanych brakiem wystarczająco silnych instrumentów do niedawna. DPCR jest tańszy.