Icke-invasiv screening av fetal trisomi 21 med digital PCR (dPNI-T21)

I Frankrike, liksom i många länder i världen, är trisomi 21 eller Downs syndrom (DS) föremål för en prenatal screening baserad på en riskberäkning (R) inklusive analys av biokemiska markörer i moderns blod, och mätning av en fetal ultraljudsparameter (nuckal translucens). I populationen av gravida kvinnor som sägs ha hög risk (R> 1/250), bekräftas diagnosen DS genom invasiv provtagning (trofoblastbiopsi eller fostervattenprov), vilket möjliggör fastställande av fosterkaryotyp. Förutom begränsad känslighet (80 till 85 % beroende på tekniken) är denna screening en ångestfaktor (8 % falskt positiva) och missfall av euploida foster (normal karyotyp) i 1 % av fallen (invasiva procedurer).

En gravid kvinnas plasma innehåller en blandning av fritt DNA av maternellt (90 %) och fosterursprung (cffDNA för cellfritt foster-DNA) (cirka 10 %, men denna andel ökar i fall av fetal trisomi 21. Andelen cffDNA är tillräcklig för att kvalitativt och kvantitativt studera specifika genetiska markörer för ett par kromosomer. Det är därför möjligt att utvärdera mängden markörkromosomer av intresse i förhållande till en referenskromosommarkör, och att beräkna ett markör/markörförhållande av intresse, teoretiskt identiskt för alla autosomer (kromosom 1 till 22) under euploid graviditet. Vid fosteraneuploidi (till exempel trisomi 21) är detta förhållande obalanserat för det kromosomala paret.

Framsteg inom teknologi, såsom high-throughput mass sequencing (MPS) och digital PCR (dPCR), gör det nu möjligt att överväga diagnosen av foster maternell DS genom studiet av cffDNA. Flera team har redan publicerat om detta ämne med MPS-tekniken, applicerad direkt på fritt DNA från moderns plasma, eller efter ett cffDNA-isoleringssteg. Detta innebär att sekvensera DNA-fragmenten som finns i provet och placera dem tillbaka på sin ursprungliga kromosom. Vid fostertrisomi 21 försöker man bevisa ett överskott av sekvenser från kromosom 21. Dessa tekniker kräver dyr utrustning (sequencer, bioinformatisk plattform, servrar) och en teknisk tid och viktig analys (ofta flera dagar för en enda körning). När det gäller forskning om aneuploidier med digital PCR (dPCR) beror få publikationer idag på frånvaron av tillräckligt kraftfulla instrument tills nyligen. DPCR är billigare.