Évolution du microbiote oropharyngé et rectal après un traumatisme crânien grave (BBAX)
Du cerveau aux insectes : évolution du microbiote oropharyngé et rectal des patients atteints d'un traumatisme crânien grave admis en soins intensifs
Des modifications du microbiote intestinal humain ont été associées à différentes conditions pathologiques telles que l'obésité, les maladies inflammatoires de l'intestin et les maladies neurodégénératives. Récemment, le " Brain-Gut Axis ", un axe de communication bidirectionnel entre le cerveau et l'intestin, a été décrit. Dans des études animales récentes, une lésion cérébrale aiguë était associée à des modifications rapides du microbiote intestinal.
Chez l'homme, le traumatisme crânien (TCC) est l'une des principales causes de décès et d'invalidité. Les modèles de microbiote intestinal et oropharyngé après TBI sont inconnus. L'objectif principal de cette étude est de caractériser le microbiote intestinal et oropharyngé des patients atteints de TCC sévère.
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Intervention / Traitement
Description détaillée
Protocole d'étude :
Étude de cohorte observationnelle prospective.
Les patients
Les patients admis aux soins intensifs pour un traumatisme grave seront inclus. Deux groupes de patients traumatisés sévères seront étudiés :
- Patients présentant un traumatisme crânien (TBI) sévère isolé : TBI avec l'échelle initiale de Glasgow (GCS) ≤ 8 et le score AISextrahead ≤ 3
- Patients traumatisés sévères sans TCC (score AISextrahead > 3)
Un groupe d'individus sains servira de population témoin.
Recrutement total prévu de 20 patients dans chaque groupe et de 10 contrôles sains.
Collecte de données patients
Pour chaque patient, les données suivantes seront collectées :
- Données démographiques : âge, sexe, taille, poids, date d'admission en réanimation, score de physiologie aiguë simplifié II (SAPS II), score de gravité des blessures (ISS), échelle abrégée des blessures (AIS) à l'admission en réanimation.
- Données traumatiques : nombre et type de lésions organiques traumatiques, GCS initial, présence de mydriase à la prise en charge initiale.
- Facteurs ayant un impact potentiel sur le microbiote : traitement antimicrobien, type de nutrition, médicaments (inhibiteurs de la pompe à protons, opioïdes, sédatifs, catécholamines, stéroïdes), intervention chirurgicale pendant le séjour en soins intensifs.
- Évolution : acquisition de bactéries multirésistantes pendant le séjour en réanimation, infections acquises en réanimation. Durée de la ventilation mécanique, épuration extrarénale, durée du séjour en USI, résultat neurologique évalué par l'échelle d'évaluation de l'incapacité (DRS-F) à la sortie de l'USI et à 90 jours après le traumatisme, décès à la sortie de l'USI et 90 jours.
Collecte d'échantillons
Des prélèvements oropharyngés et rectaux seront effectués pour chaque patient dans les 24 premières heures après l'admission en USI (jour 0), puis 48 heures (jour 2) et 7 jours (jour 7) après l'admission en USI et chaque semaine par la suite jusqu'à la sortie de l'USI. Les écouvillonnages rectaux et oropharyngés seront effectués par du personnel paramédical formé à l'aide d'écouvillons stériles avec le milieu de transport ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA). Les écouvillons seront conservés à -80°C jusqu'à l'extraction de l'ADN.
Extraction d'ADN
L'extraction de l'ADN sera réalisée à l'aide du kit QIAamp PowerFecal Pro DNA® (Qiagen®, Courtaboeuf, France) pour les écouvillons rectaux et du kit Extracta DNA Prep® (Quanta Biosciences®, Beverly, USA) pour les écouvillons oropharyngés. L'ADN sera quantifié par le kit de dosage Quantit® dsDNA HighSensitivity (Fisher Scientific).
Amplification et séquençage de l'ARNr 16S
Les régions V3 et V4 des séquences du gène de l'ARNr 16S bactérien seront amplifiées par réaction en chaîne par polymérase (PCR) avec des amorces universelles (TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGCWGCAG et GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC), selon le protocole du système Illumina MiSeq® (Illumina®). Les amplicons seront purifiés puis séquencés à l'aide du système de séquençage MiSeq® ((Illumina®).
Traitement des séquences
Le traitement des séquences et le regroupement des unités taxonomiques opérationnelles (OTU) seront effectués à l'aide du logiciel SHAMAN (SHiny Application for Metagenomic ANalysis) basé sur le logiciel R® (package DESeq2), fourni par l'Institut Pasteur. La classification taxonomique sera effectuée à l'aide de la référence de la base de données SILVA.
analyses statistiques
L'analyse statistique sera effectuée à l'aide du logiciel SHAMAN (SHiny Application for Metagenomic ANalysis). Les embranchements bactériens, les familles et la répartition des genres seront analysés, et l'abondance relative des genres bactériens sera comparée entre les différentes populations. La diversité alpha sera analysée à l'aide de différents paramètres (indice de Shannon, indice de diversité de Simpson), ainsi que la diversité bêta (analyse en composantes principales).
Les différentes populations de patients et de volontaires sains seront comparées et l'évolution du microbiote dans le temps sera étudiée.
Type d'étude
Inscription (Réel)
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
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-
-
Le Kremlin-Bicetre, France, 94270
- APHP Bicêtre Hospital
-
-
Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- Admission au Centre de Traumatologie de l'Hôpital Bicêtre pour traumatisme grave avec :
soit un traumatisme craniocérébral (TCC) sévère isolé : TCC avec Glasgow Coma Scale (GCS) initial ≤ 8 et score AISextrahead ≤3 ; soit traumatisme sévère sans TBI (score AISextrahead > 3)
- Durée estimée du séjour en soins intensifs 48 heures ou plus
Critère d'exclusion:
- Traitement antimicrobien au cours des 3 derniers mois
- Utilisation à long terme de corticostéroïdes
- Cancer actif
- Patient institutionnalisé
- Perforation gastro-intestinale ou chirurgie gastro-intestinale en urgence suite à un traumatisme
- Retrait du consentement
- Patient sous tutelle
- Femmes enceintes ou allaitantes
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Modèles d'observation: Cas-témoins
- Perspectives temporelles: Éventuel
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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Patients atteints de lésions cérébrales traumatiques graves isolées (TBI)
TBI avec Glasgow Coma Scale (GCS) initial ≤ 8 et score AISextrahead ≤3.
Des prélèvements oropharyngés et rectaux seront effectués pour chaque patient dans les 24 premières heures après l'admission en USI (jour 0), puis 48 heures (jour 2) et 7 jours (jour 7) après l'admission en USI et chaque semaine par la suite jusqu'à la sortie de l'USI.
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Sera réalisée par du personnel paramédical formé à l'aide d'écouvillons stériles avec le milieu de transport ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Les écouvillons seront conservés à -80°C jusqu'à l'extraction de l'ADN.
Sera réalisée par du personnel paramédical formé à l'aide d'écouvillons stériles avec le milieu de transport ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Les écouvillons seront conservés à -80°C jusqu'à l'extraction de l'ADN.
Sera évalué au jour 90 +/- 7 jours.
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Patients traumatisés sévères sans traumatisme crânien
Patients traumatisés sévères sans TCC (score AISextrahead > 3).
Des prélèvements oropharyngés et rectaux seront effectués pour chaque patient dans les 24 premières heures après l'admission en USI (jour 0), puis 48 heures (jour 2) et 7 jours (jour 7) après l'admission en USI et chaque semaine par la suite jusqu'à la sortie de l'USI.
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Sera réalisée par du personnel paramédical formé à l'aide d'écouvillons stériles avec le milieu de transport ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Les écouvillons seront conservés à -80°C jusqu'à l'extraction de l'ADN.
Sera réalisée par du personnel paramédical formé à l'aide d'écouvillons stériles avec le milieu de transport ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Les écouvillons seront conservés à -80°C jusqu'à l'extraction de l'ADN.
Sera évalué au jour 90 +/- 7 jours.
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Contrôles sains
Les personnes qui n'ont pas eu les conditions à l'étude ou d'autres conditions ou symptômes connexes, comme spécifié dans les conditions d'admissibilité. Les écouvillons oropharyngés et rectaux ne seront prélevés qu'une seule fois, à l'inclusion, après quoi la participation de l'individu témoin à l'essai sera terminée. |
Sera réalisée par du personnel paramédical formé à l'aide d'écouvillons stériles avec le milieu de transport ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Les écouvillons seront conservés à -80°C jusqu'à l'extraction de l'ADN.
Sera réalisée par du personnel paramédical formé à l'aide d'écouvillons stériles avec le milieu de transport ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Les écouvillons seront conservés à -80°C jusqu'à l'extraction de l'ADN.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Modification de la diversité alpha du microbiote mesurée par l'indice de Shannon
Délai: Du jour 0 au jour 90
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Les prélèvements oropharyngés et rectaux, effectués au jour 0, au jour 2, au jour 7 après l'admission aux soins intensifs et chaque semaine par la suite jusqu'à la sortie des soins intensifs ou au plus tard au jour 90, seront utilisés pour l'extraction de l'ADN et l'amplification et le séquençage de l'ARNr 16S bactérien afin d'identifier les espèces bactériennes colonisant l'intestin.
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Du jour 0 au jour 90
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
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Diversités alpha et bêta du microbiote oropharyngé et rectal à différents moments post-traumatique.
Délai: Du jour 0 au jour 90
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Les prélèvements oropharyngés et rectaux, effectués au jour 0, au jour 2, au jour 7 après l'admission aux soins intensifs et chaque semaine par la suite jusqu'à la sortie des soins intensifs ou au plus tard au jour 90, seront utilisés pour l'extraction de l'ADN et l'amplification et le séquençage de l'ARNr 16S bactérien afin d'identifier l'espèce bactérienne.
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Du jour 0 au jour 90
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Infections acquises en USI
Délai: Du jour 0 au jour 90
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Les taux d'infection acquise en USI pendant le séjour en USI
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Du jour 0 au jour 90
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Nombre de patients ayant contracté une colonisation ou une infection par des bactéries multirésistantes pendant leur séjour en soins intensifs
Délai: Du jour 0 au jour 90
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Colonisation bactérienne multirésistante ou infection acquise pendant le séjour en USI
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Du jour 0 au jour 90
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Décès à la sortie des soins intensifs et 90 jours après le traumatisme.
Délai: Du jour 0 au jour 90
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Les taux de décès à la sortie des soins intensifs et 90 jours après le traumatisme
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Du jour 0 au jour 90
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Score de l'échelle d'évaluation de l'incapacité (DRS-F) à 90 jours après le traumatisme
Délai: Du jour 0 au jour 90
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Bilan neurologique à 90 jours post-traumatique évalué par le Disability Rating Scale, la traduction française (DRS-F) cotée de 0 (pas de handicap) à 29 (état végétatif extrême)
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Du jour 0 au jour 90
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Samy Figueiredo, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Estimé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- APHP180537
- 2018-A02973-52 (Autre identifiant: IDRCB)
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
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Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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