Ewolucja mikroflory jamy ustnej i gardła oraz odbytnicy po ciężkim urazowym uszkodzeniu mózgu (BBAX)
Od mózgu do robaków: ewolucja mikroflory jamy ustnej i gardła oraz odbytnicy pacjentów z ciężkim urazowym uszkodzeniem mózgu przyjętych na OIOM
Modyfikacje mikroflory jelitowej człowieka są powiązane z różnymi stanami patologicznymi, takimi jak otyłość, choroby zapalne jelit i choroby neurodegeneracyjne. Niedawno opisano „oś mózg-jelito”, dwukierunkową oś komunikacji między mózgiem a jelitami. W ostatnich badaniach na zwierzętach ostre uszkodzenie mózgu wiązało się z szybkimi modyfikacjami mikroflory jelitowej.
U ludzi urazowe uszkodzenie mózgu (TBI) jest główną przyczyną śmierci i niepełnosprawności. Wzory mikroflory jelitowej i jamy ustnej i gardła po TBI są nieznane. Głównym celem tego badania jest scharakteryzowanie mikroflory jelitowej i jamy ustnej i gardła pacjentów z ciężkim TBI.
Przegląd badań
Status
Szczegółowy opis
Protokół badania :
Obserwacyjne prospektywne badanie kohortowe.
Pacjenci
Uwzględnieni zostaną pacjenci przyjmowani na OIOM z powodu ciężkich urazów. Zbadane zostaną dwie grupy pacjentów z ciężkim urazem:
- Pacjenci z izolowanym ciężkim urazowym uszkodzeniem mózgu (TBI): TBI z początkowym wynikiem w skali Glasgow (GCS) ≤ 8 i wynikiem AISextrahead ≤ 3
- Pacjenci z ciężkim urazem bez TBI (wynik AISextrahead > 3)
Grupa zdrowych osobników posłuży jako populacja kontrolna.
Oczekiwana łączna liczba zapisanych 20 pacjentów w każdej grupie i 10 zdrowych osób z grupy kontrolnej.
Gromadzenie danych pacjenta
Dla każdego pacjenta zbierane będą następujące dane:
- Dane demograficzne: wiek, płeć, wzrost, waga, data przyjęcia na OIT, II punktacja uproszczonej fizjologii ostrej (SAPS II), skala ciężkości urazu (ISS), skrócona skala urazu (AIS) przy przyjęciu na OIT.
- Dane dotyczące urazu: liczba i rodzaj uszkodzeń narządów związanych z urazem, wstępny GCS, obecność rozszerzenia źrenic w początkowym postępowaniu.
- Czynniki mające potencjalny wpływ na mikrobiotę: antybiotykoterapia, sposób żywienia, stosowane leki (inhibitory pompy protonowej, opioidy, środki uspokajające, katecholaminy, sterydy), zabieg chirurgiczny podczas pobytu na OIT.
- Ewolucja: nabycie bakterii wielolekoopornych podczas pobytu na OIT, zakażenia nabyte na OIT. Czas trwania wentylacji mechanicznej, wysięk pozanerkowy, długość pobytu na OIOM, wynik neurologiczny oceniany za pomocą skali oceny niepełnosprawności (DRS-F) przy wypisie z OIT i 90 dni po urazie, zgon przy wypisie z OIT i 90 dni.
Kolekcja próbek
U każdego pacjenta zostaną pobrane wymazy z jamy ustnej i gardła oraz z odbytu w ciągu pierwszych 24 godzin po przyjęciu na OIT (dzień 0), następnie 48 godzin (dzień 2) i 7 dni (dzień 7) po przyjęciu na OIT, a następnie co tydzień aż do wypisu z OIT. Wymazy z odbytu i jamy ustnej i gardła zostaną wykonane przez przeszkolony personel paramedyczny przy użyciu sterylnych wymazów z podłożem transportowym ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA). Wymazy będą przechowywane w temperaturze -80°C do czasu ekstrakcji DNA.
Ekstrakcja DNA
Ekstrakcja DNA zostanie przeprowadzona przy użyciu zestawu QIAamp PowerFecal Pro DNA® (Qiagen®, Courtaboeuf, Francja) do wymazów z odbytu i zestawu Extracta DNA Prep® (Quanta Biosciences®, Beverly, USA) do wymazów z jamy ustnej i gardła. DNA zostanie oznaczone ilościowo za pomocą zestawu Quantit® dsDNA HighSensitivity Assay (Fisher Scientific).
Amplifikacja i sekwencjonowanie 16S rRNA
Regiony V3 i V4 sekwencji bakteryjnego genu 16S rRNA zostaną zamplifikowane metodą reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) z uniwersalnymi starterami (TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG i GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC), zgodnie z protokołem systemu Illumina MiSeq® (Illumina®). Amplikony zostaną oczyszczone, a następnie zsekwencjonowane przy użyciu systemu sekwencjonowania MiSeq® ((Illumina®).
Przetwarzanie sekwencji
Przetwarzanie sekwencji i grupowanie operacyjnych jednostek taksonomicznych (OTU) zostanie przeprowadzone przy użyciu oprogramowania SHAMAN (SHiny Application for Metagenomic ANalysis) opartego na oprogramowaniu R® (pakiet DESeq2), dostarczonego przez Pasteur Institute. Klasyfikacja taksonomiczna zostanie przeprowadzona przy użyciu bazy danych SILVA.
Analiza statystyczna
Analiza statystyczna zostanie przeprowadzona przy użyciu oprogramowania SHAMAN (SHIny Application for Metagenomic ANalysis). Przeanalizowane zostaną typy, rodziny i rodzaje bakterii, a względna obfitość rodzajów bakterii zostanie porównana między różnymi populacjami. Zróżnicowanie alfa będzie analizowane przy użyciu różnych parametrów (indeks Shannona, indeks różnorodności Simpsona), a także zróżnicowanie beta (analiza składowych głównych).
Porównane zostaną różne populacje pacjentów i zdrowych ochotników oraz zbadana zostanie ewolucja mikroflory w czasie.
Typ studiów
Zapisy (Oczekiwany)
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Samy FIGUEIREDO, MD, PhD
- Numer telefonu: +33 (0)145213441
- E-mail: samy.figueiredo@aphp.fr
Lokalizacje studiów
-
-
-
Le Kremlin-Bicetre, Francja, 94270
- Rekrutacyjny
- APHP Bicêtre Hospital
-
Kontakt:
- Samy FIGUEIREDO, MD, PhD
- Numer telefonu: +33 (0)145213441
- E-mail: samy.figueiredo@aphp.fr
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
Akceptuje zdrowych ochotników
Płeć kwalifikująca się do nauki
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Przyjęcie do Bicêtre Hospital Trauma Center z powodu ciężkiego urazu z:
albo izolowane ciężkie urazowe uszkodzenie mózgu (TBI): TBI z początkowym wynikiem Glasgow Coma Scale (GCS) ≤ 8 i wynikiem AISextrahead ≤ 3; albo ciężki uraz bez TBI (wynik AISextrahead > 3)
- Szacunkowa długość pobytu na OIT 48 godzin lub więcej
Kryteria wyłączenia:
- Leczenie przeciwdrobnoustrojowe w ciągu ostatnich 3 miesięcy
- Długotrwałe stosowanie kortykosteroidów
- Aktywny rak
- Pacjent zinstytucjonalizowany
- Perforacja żołądkowo-jelitowa lub pilna operacja żołądkowo-jelitowa po urazie
- Wycofanie zgody
- Pacjent pod opieką
- Kobiety w ciąży lub karmiące piersią
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Modele obserwacyjne: Kontrola przypadków
- Perspektywy czasowe: Spodziewany
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Pacjenci z izolowanym ciężkim urazowym uszkodzeniem mózgu (TBI)
TBI z początkowym wynikiem Glasgow Coma Scale (GCS) ≤ 8 i wynikiem AISextrahead ≤3.
U każdego pacjenta zostaną pobrane wymazy z jamy ustnej i gardła oraz z odbytu w ciągu pierwszych 24 godzin po przyjęciu na OIT (dzień 0), następnie 48 godzin (dzień 2) i 7 dni (dzień 7) po przyjęciu na OIT, a następnie co tydzień aż do wypisu z OIT.
|
Zostanie przeprowadzony przez przeszkolony personel paramedyczny przy użyciu sterylnych wymazówek z podłożem transportowym ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Wymazy będą przechowywane w temperaturze -80°C do czasu ekstrakcji DNA.
Zostanie przeprowadzony przez przeszkolony personel paramedyczny przy użyciu sterylnych wymazówek z podłożem transportowym ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Wymazy będą przechowywane w temperaturze -80°C do czasu ekstrakcji DNA.
Zostanie oceniony w dniu 90 +/- 7 dni.
|
|
Pacjenci z ciężkim urazem bez TBI
Pacjenci z ciężkim urazem bez TBI (wynik AISextrahead > 3).
U każdego pacjenta zostaną pobrane wymazy z jamy ustnej i gardła oraz z odbytu w ciągu pierwszych 24 godzin po przyjęciu na OIT (dzień 0), następnie 48 godzin (dzień 2) i 7 dni (dzień 7) po przyjęciu na OIT, a następnie co tydzień aż do wypisu z OIT.
|
Zostanie przeprowadzony przez przeszkolony personel paramedyczny przy użyciu sterylnych wymazówek z podłożem transportowym ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Wymazy będą przechowywane w temperaturze -80°C do czasu ekstrakcji DNA.
Zostanie przeprowadzony przez przeszkolony personel paramedyczny przy użyciu sterylnych wymazówek z podłożem transportowym ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Wymazy będą przechowywane w temperaturze -80°C do czasu ekstrakcji DNA.
Zostanie oceniony w dniu 90 +/- 7 dni.
|
|
Zdrowe kontrole
Osoby, u których nie występowały badane schorzenia lub inne powiązane schorzenia lub objawy, jak określono w wymaganiach kwalifikacyjnych. Wymazy z jamy ustnej i gardła oraz z odbytu będą pobierane tylko raz, przy włączeniu, po czym udział osoby kontrolnej w badaniu zostanie zakończony. |
Zostanie przeprowadzony przez przeszkolony personel paramedyczny przy użyciu sterylnych wymazówek z podłożem transportowym ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Wymazy będą przechowywane w temperaturze -80°C do czasu ekstrakcji DNA.
Zostanie przeprowadzony przez przeszkolony personel paramedyczny przy użyciu sterylnych wymazówek z podłożem transportowym ESwab® (Becton, Dickinson and Company, New Jersey, USA).
Wymazy będą przechowywane w temperaturze -80°C do czasu ekstrakcji DNA.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Zmiana różnorodności alfa mikrobiomu mierzona wskaźnikiem Shannona
Ramy czasowe: Od dnia 0 do dnia 90
|
Wymazy z jamy ustnej i gardła oraz z odbytu, pobrane w dniu 0, dniu 2, dniu 7 po przyjęciu na OIOM, a następnie co tydzień do wypisu z OIT lub nie później niż w dniu 90, zostaną użyte do ekstrakcji DNA oraz amplifikacji i sekwencjonowania bakteryjnego 16S rRNA w celu identyfikacji gatunków bakterii kolonizujących jelita.
|
Od dnia 0 do dnia 90
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Różnorodność alfa i beta mikroflory jamy ustnej i gardła oraz odbytnicy w różnym czasie po urazie.
Ramy czasowe: Od dnia 0 do dnia 90
|
Wymazy z jamy ustnej i gardła oraz z odbytu, pobrane w dniu 0, dniu 2, dniu 7 po przyjęciu na OIOM, a następnie co tydzień do wypisu z OIT lub nie później niż w dniu 90, zostaną użyte do ekstrakcji DNA oraz amplifikacji i sekwencjonowania bakteryjnego 16S rRNA w celu identyfikacji gatunek bakterii.
|
Od dnia 0 do dnia 90
|
|
Infekcje nabyte na OIT
Ramy czasowe: Od dnia 0 do dnia 90
|
Wskaźniki zakażeń nabytych na OIT podczas pobytu na OIT
|
Od dnia 0 do dnia 90
|
|
Liczba pacjentów, u których doszło do kolonizacji lub zakażenia bakteriami wielolekoopornymi podczas pobytu na OIT
Ramy czasowe: Od dnia 0 do dnia 90
|
Kolonizacja bakterii wielolekoopornych lub infekcja nabyta podczas pobytu na OIT
|
Od dnia 0 do dnia 90
|
|
Śmierć przy wypisie z OIOM i 90 dni po urazie.
Ramy czasowe: Od dnia 0 do dnia 90
|
Wskaźniki zgonów przy wypisie z OIOM i 90 dni po urazie
|
Od dnia 0 do dnia 90
|
|
Skala oceny niepełnosprawności (DRS-F) po 90 dniach od urazu
Ramy czasowe: Od dnia 0 do dnia 90
|
Wynik neurologiczny po 90 dniach od urazu oceniany na podstawie Skali Oceny Niepełnosprawności, francuskie tłumaczenie (DRS-F) cytowane od 0 (brak niepełnosprawności) do 29 (skrajny stan wegetatywny)
|
Od dnia 0 do dnia 90
|
Współpracownicy i badacze
Współpracownicy
Śledczy
- Główny śledczy: Samy Figueiredo, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Oczekiwany)
Ukończenie studiów (Oczekiwany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- APHP180537
- 2018-A02973-52 (Inny identyfikator: IDRCB)
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .
Badania kliniczne na Wymaz z jamy ustnej i gardła
-
University of California, San FranciscoCentral California Faculty Medical GroupZakończonyChlamydia Trachomatis | Neisseria gonorrhoeaeStany Zjednoczone