Effets de la phénoximéthylpénicilline, de l'amoxicilline et de l'acide amoxicilline-clavulanique sur le microbiote intestinal (EPAAC)

Contexte : La justification de ce projet est que différents antibiotiques ont des effets variables sur le microbiote intestinal, ce qui a des implications cliniques. Pour étudier les dommages collatéraux relatifs pendant le traitement avec différents antibiotiques, un essai randomisé est nécessaire. Des échantillonnages répétés pendant une période d'un an sont nécessaires pour capturer les perturbations prolongées et le temps nécessaire à un microbiote restauré. Pour examiner facilement les effets des antibiotiques, les volontaires sains sont idéaux pour l'étude car leur microbiote est le plus susceptible d'être normal à l'inclusion. Ils ont également un faible risque de rencontrer d'autres facteurs au cours du suivi qui affecteront la composition des bactéries intestinales.

Objectif : Le but de l'étude est de déterminer : (1) la composition du microbiote intestinal et la prévalence des bactéries résistantes et des gènes de résistance avant et jusqu'à 1 an après le traitement antibiotique, et (2) les différences dans le microbiote après traitement avec des antibiotiques ; phénoximéthylpénicilline, amoxicilline et amoxicilline-acide clavulanique respectivement par rapport à l'absence de traitement.

Méthode : L'étude est menée au sein du département des maladies infectieuses de l'hôpital universitaire d'Uppsala. Au total, 120 volontaires sains seront recrutés pour l'étude. Ils sont randomisés pour recevoir 5 jours de traitement par phénoximéthylpénicilline, amoxicilline ou amoxicilline-acide clavulanique, ou aucun traitement antibiotique. Les sujets soumettent des échantillons fécaux à huit moments différents ; au début de l'étude (avant le traitement), immédiatement, une semaine et 1, 3, 6, 12 et 24 mois après la fin du traitement. Au total, les sujets fourniront 8 échantillons fécaux au cours de l'étude. Au total, 960 échantillons fécaux seront collectés et analysés.

Chaque sujet soumettra deux échantillons fécaux à chaque instant. Un échantillon sera congelé dans un bouclier d'ADN et livré à Scilifelab pour analyse du microbiote intestinal et séquençage métagénomique afin de détecter les gènes résistants aux antibiotiques. L'autre échantillon fécal sera livré au service de microbiologie pour analyse avec des méthodes phénotypiques (culturomique) pour détecter les gènes résistants. gènes et bactéries résistantes.

Statistiques : La compilation des données et des statistiques sera principalement descriptive. Nous analyserons le microbiote intestinal et la prévalence des gènes de résistance chez les sujets avant et immédiatement après l'antibiothérapie, puis suivrons la composition (diversité) du microbiote intestinal, bactéries résistantes et gènes de résistance 1 semaine, 1, 3, 6, 12 et 24 mois après la fin du traitement. La diversité sera analysée par métagénomique (fusil de chasse) et sert de variable pour comparer le degré de dommages collatéraux sur le microbiote intestinal avec différents antibiotiques, et pour comparer le microbiote intestinal avant et après traitement antibiotique chez un même individu. La diversité du microbiote intestinal dans l'échantillon fécal 1 constituera la ligne de base. Des calculs statistiques ciblés sur les différences entre les groupes de traitement et le sexe en ce qui concerne le microbiote intestinal, la résistance et les effets secondaires seront effectués en fonction des résultats, qui ne peuvent pas être prédits à l'avance.

Critères d'évaluation et résultats : Le critère d'évaluation principal est la diversité et la composition du microbiote intestinal, la prévalence des bactéries Gram-négatives multirésistantes dans les cultures de dépistage et la prévalence des gènes de résistance aux antibiotiques dans les fèces avant et jusqu'à 2 ans après le traitement antibiotique.

Les résultats pourront servir de base pour cibler le choix de l'antibiotique des infections pulmonaires (pneumonie) vers les antibiotiques qui présentent le moins de risques de perturber le microbiote intestinal et d'entraîner des résistances.