Wpływ fenoksymetylopenicyliny, amoksycyliny i amoksycyliny z kwasem klawulanowym na mikroflorę jelitową (EPAAC)

Tło: Uzasadnieniem tego projektu jest to, że różne antybiotyki mają różny wpływ na mikroflorę jelitową, co ma implikacje kliniczne. Aby zbadać względne uszkodzenia uboczne podczas leczenia różnymi antybiotykami, potrzebne jest randomizowane badanie. Powtarzane pobieranie próbek w okresie 1 roku jest wymagane, aby uchwycić przedłużające się zakłócenia i czas do przywrócenia mikroflory. Aby łatwo zbadać działanie antybiotyków, zdrowi ochotnicy są idealni do badania, ponieważ ich mikroflora najprawdopodobniej będzie prawidłowa w momencie włączenia. Mają też niskie ryzyko napotkania innych czynników podczas obserwacji, które będą miały wpływ na skład bakterii jelitowych.

Cel: Celem pracy jest określenie: (1) składu mikrobiomu jelitowego i częstości występowania bakterii opornych oraz genów oporności przed i do 1 roku po leczeniu antybiotykami oraz (2) różnic w składzie mikrobiomu po leczeniu antybiotykami; odpowiednio fenoksymetylopenicyliny, amoksycyliny i amoksycyliny z kwasem klawulanowym w porównaniu z brakiem leczenia.

Metoda: Badanie jest prowadzone na Oddziale Chorób Zakaźnych Szpitala Uniwersyteckiego w Uppsali. Do badania zostanie zrekrutowanych łącznie 120 zdrowych ochotników. Przydziela się ich losowo do grupy otrzymującej przez 5 dni leczenie fenoksymetylopenicyliną, amoksycyliną lub amoksycyliną z kwasem klawulanowym lub do grupy bez antybiotyku. Badani dostarczają próbki kału w ośmiu różnych punktach czasowych; na początku badania (przed leczeniem), natychmiast, tydzień i 1, 3, 6, 12 i 24 miesiące po zakończeniu leczenia. W sumie badani pobiorą 8 próbek kału w trakcie trwania badania. Łącznie zostanie pobranych i przeanalizowanych 960 próbek kału.

Każdy pacjent dostarczy dwie próbki kału w każdym punkcie czasowym. Jedna próbka zostanie zamrożona w osłonie DNA i dostarczona do Scilifelab w celu analizy mikroflory jelitowej i sekwencjonowania metagenomicznego w celu wykrycia genów oporności na antybiotyki. Druga próbka kału zostanie dostarczona do działu mikrobiologii w celu analizy metodami fenotypowymi (kulturomika) w celu wykrycia oporności geny i odporne bakterie.

Statystyki: Kompilacja danych i statystyk będzie miała przede wszystkim charakter opisowy. Będziemy analizować mikrobiom jelitowy i występowanie genów oporności u badanych przed i bezpośrednio po antybiotykoterapii, a następnie monitorować skład (różnorodność) mikrobiomu jelitowego, bakterii opornych i genów oporności 1 tydzień, 1, 3, 6, 12 i 24 miesiące po zakończeniu leczenia. Różnorodność zostanie przeanalizowana za pomocą metagenomiki (shotgun) i jest używana jako zmienna do porównania stopnia uszkodzenia mikroflory jelitowej przez różne antybiotyki oraz do porównania mikroflory jelitowej przed i po antybiotykoterapii u tej samej osoby. Różnorodność mikroflory jelitowej w próbce kału 1 będzie stanowiła punkt odniesienia. Ukierunkowane obliczenia statystyczne dotyczące różnic między grupami leczenia i płcią pod względem mikroflory jelitowej, oporności i skutków ubocznych zostaną przeprowadzone w zależności od wyników, których nie można z góry przewidzieć.

Punkty końcowe i wyniki: Pierwszorzędowym punktem końcowym jest różnorodność i skład mikroflory jelitowej, występowanie wielolekoopornych bakterii Gram-ujemnych w kulturach przesiewowych oraz występowanie genów oporności na antybiotyki w kale przed i do 2 lat po leczeniu antybiotykami.

Wyniki mogą posłużyć jako podstawa do ukierunkowania wyboru antybiotyku na infekcje płuc (zapalenie płuc) w kierunku tych antybiotyków, które mają najmniejsze ryzyko zakłócenia mikroflory jelitowej i prowadzące do oporności.