Effetti di fenossimetilpenicillina, amoxicillina e acido amoxicillina-clavulanico sul microbiota intestinale (EPAAC)

Sfondo: la logica alla base di questo progetto è che diversi antibiotici hanno effetti diversi sul microbiota intestinale, il che ha implicazioni cliniche. Per indagare il danno collaterale relativo durante il trattamento con diversi antibiotici è necessario uno studio randomizzato. È necessario un campionamento ripetuto durante un periodo di 1 anno per catturare disturbi prolungati e il tempo per un microbiota ripristinato. Per esaminare prontamente gli effetti degli antibiotici, i volontari sani sono ideali per lo studio poiché è molto probabile che il loro microbiota sia normale al momento dell'inclusione. Hanno anche un basso rischio di incontrare altri fattori durante il follow-up che influenzeranno la composizione dei batteri intestinali.

Obiettivo: Lo scopo dello studio è determinare: (1) composizione del microbiota intestinale e prevalenza di batteri resistenti e geni di resistenza prima e fino a 1 anno dopo il trattamento antibiotico e (2) differenze nel microbiota dopo il trattamento con antibiotici; rispettivamente fenossimetilpenicillina, amoxicillina e amoxicillina-acido clavulanico rispetto a nessun trattamento.

Metodo: Lo studio è condotto all'interno del Dipartimento di Malattie Infettive dell'Ospedale Universitario di Uppsala. Un totale di 120 volontari sani sarà reclutato per lo studio. Sono randomizzati al trattamento di 5 giorni con fenossimetilpenicillina, amoxicillina o acido amoxicillina-clavulanico o a nessun trattamento antibiotico. I soggetti inviano campioni fecali in otto diversi punti temporali; all'inizio dello studio (prima del trattamento), immediatamente, una settimana e 1, 3, 6, 12 e 24 mesi dopo il completamento del trattamento. Complessivamente, i soggetti forniranno 8 campioni fecali nel corso dello studio. Verranno raccolti e analizzati un totale di 960 campioni fecali.

Ogni soggetto invierà due campioni fecali in ciascun punto temporale. Un campione sarà congelato in DNA-shield e consegnato a Scilifelab per l'analisi del microbiota intestinale e il sequenziamento metagenomico per rilevare geni resistenti agli antibiotici. L'altro campione fecale sarà consegnato al dipartimento di Microbiologia per l'analisi con metodi fenotipici (culturomica) per rilevare resistenti geni e batteri resistenti.

Statistiche: la compilazione di dati e statistiche sarà principalmente descrittiva. Analizzeremo il microbiota intestinale e la prevalenza dei geni di resistenza nei soggetti prima e immediatamente dopo il trattamento antibiotico, quindi monitoreremo la composizione (diversità) del microbiota intestinale, dei batteri resistenti e dei geni di resistenza 1 settimana, 1, 3, 6, 12 e 24 mesi dopo il completamento del trattamento. La diversità sarà analizzata utilizzando la metagenomica (fucile da caccia) e viene utilizzata come variabile per confrontare il grado di danno collaterale sul microbiota intestinale con diversi antibiotici e per confrontare il microbiota intestinale prima e dopo il trattamento antibiotico nello stesso individuo. La diversità del microbiota intestinale nel campione fecale 1 costituirà la linea di base. Calcoli statistici mirati sulle differenze tra i gruppi di trattamento e il genere per quanto riguarda il microbiota intestinale, la resistenza e gli effetti collaterali saranno effettuati a seconda dei risultati, che non possono essere previsti in anticipo.

Endpoint e risultati: l'endpoint primario è la diversità e la composizione del microbiota intestinale, la prevalenza di batteri Gram-negativi multiresistenti nelle colture di screening e la prevalenza di geni di resistenza agli antibiotici nelle feci prima e fino a 2 anni dopo il trattamento antibiotico.

I risultati possono essere utilizzati come base per indirizzare la scelta dell'antibiotico per le infezioni polmonari (polmonite) verso quegli antibiotici che hanno il minor rischio di interrompere il microbiota intestinale e portare alla resistenza.