Virkninger af phenoximethylpenicillin, amoxicillin og amoxicillin-clavulansyre på tarmmikrobiotaen (EPAAC)

Baggrund: Rationalet bag dette projekt er, at forskellige antibiotika har varierende effekt på tarmmikrobiotaen, hvilket har kliniske implikationer. For at undersøge den relative sideskade under behandling med forskellige antibiotika er det nødvendigt med et randomiseret forsøg. Gentagen prøvetagning i løbet af en 1-årig periode er påkrævet for at fange langvarig forstyrrelse og tiden til en genoprettet mikrobiota. For let at undersøge de antibiotiske virkninger er raske frivillige ideelle til undersøgelsen, da deres mikrobiota højst sandsynligt er normal ved inklusion. De har også en lav risiko for at støde på andre faktorer under opfølgningen, som vil påvirke sammensætningen af ​​tarmbakterierne.

Formål: Formålet med undersøgelsen er at bestemme: (1) sammensætning af tarmmikrobiota og prævalens af resistente bakterier og resistensgener før og op til 1 år efter antibiotikabehandling, og (2) forskelle i mikrobiotaen efter behandling med antibiotika; henholdsvis phenoximethylpenicillin, amoxicillin og amoxicillin-clavulansyre sammenlignet med ingen behandling.

Metode: Undersøgelsen er udført inden for Infektionsmedicinsk Afdeling på Uppsala Universitetshospital. I alt 120 raske frivillige vil blive rekrutteret til undersøgelsen. De er randomiseret til 5 dages behandling med phenoximethylpenicillin, amoxicillin eller amoxicillin-clavulansyre eller til ingen antibiotikabehandling. Forsøgspersoner indsender fæcesprøver på otte forskellige tidspunkter; ved starten af ​​undersøgelsen (før behandling), umiddelbart, en uge og 1, 3, 6, 12 og 24 måneder efter afslutning af behandlingen. I alt vil forsøgspersonerne give 8 fæcesprøver i løbet af undersøgelsen. I alt 960 fæcesprøver vil blive indsamlet og analyseret.

Hvert forsøgsperson indsender to fæcesprøver på hvert tidspunkt. Den ene prøve vil blive frosset i DNA-skjold og leveret til Scilifelab til analyse af tarmmikrobiotaen og metagenomisk sekvensering for at påvise antibiotikaresistente gener. Den anden fæcesprøve vil blive leveret til Mikrobiologiafdelingen til analyse med fænotypiske metoder (kulturomics) til påvisning af resistente gener. gener og resistente bakterier.

Statistik: Indsamlingen af ​​data og statistik vil primært være beskrivende. Vi vil analysere tarmmikrobiotaen og forekomsten af ​​resistensgener hos forsøgspersonerne før og umiddelbart efter antibiotikabehandling, og derefter monitorere sammensætningen (diversiteten) af tarmmikrobiotaen, resistente bakterier og resistensgener 1 uge, 1, 3, 6, 12 og 24 måneder efter endt behandling. Diversitet vil blive analyseret ved hjælp af metagenomics (shotgun) og bruges som variabel til at sammenligne graden af ​​sideskade på tarmmikrobiotaen med forskellige antibiotika, og til at sammenligne tarmmikrobiotaen før og efter antibiotikabehandling hos samme individ. Diversiteten af ​​den intestinale mikrobiota i fæcesprøve 1 vil udgøre basislinjen. Målrettede statistiske beregninger af forskelle mellem behandlingsgrupper og køn med hensyn til tarmmikrobiota, resistens og bivirkninger vil blive udført afhængigt af udfald, som ikke kan forudsiges på forhånd.

Endepunkter og resultater: Det primære endepunkt er mangfoldigheden og sammensætningen af ​​tarmmikrobiotaen, forekomsten af ​​multiresistente gramnegative bakterier i screeningskulturer og forekomsten af ​​antibiotikaresistensgener i fæces før og op til 2 år efter antibiotikabehandling.

Resultaterne kan bruges som grundlag for at målrette valget af antibiotika til lungeinfektioner (lungebetændelse) mod de antibiotika, der har mindst risiko for at forstyrre tarmens mikrobiota og føre til resistens.