M. Avium WGS pendant le traitement Mav-PD

Le complexe Mycobacterium Avium (MAC) est un sous-ensemble de mycobactéries non tuberculeuses (MNT) que l'on trouve généralement dans le sol et l'eau et qui peuvent provoquer des maladies pulmonaires pulmonaires. Le traitement du MAC est difficile car il nécessite généralement l’utilisation de trois antibiotiques ou plus sur une longue période et le taux d’éradication est sous-optimal.

Mac-WGS est une étude observationnelle qui vise à comprendre si de nouvelles souches de M. avium sont responsables d'expectorations persistantes à culture positive pendant le traitement. Le séquençage du génome entier (WGS) sera effectué sur des isolats de M. avium provenant des crachats de patients atteints de Mav-PD, pendant la durée de l'étude. De plus, des échantillons environnementaux domestiques seront collectés et séquencés pour identifier toute source d'infection domestique.

En tant qu'étude observationnelle, les participants recevront un traitement de soins standard de routine, à la discrétion du médecin. La norme de soins comprend la soumission mensuelle des crachats. Le M. avium isolé des crachats avant le traitement et tous les trois mois pendant le traitement (jusqu'à ce que les crachats deviennent négatifs à la culture) sera analysé par WGS. Si les crachats redeviennent positifs à la culture, le germe isolé sera également analysé par séquençage du génome entier. Il sera déterminé si la souche identique de M. avium est toujours présente ou si plusieurs souches sont présentes, ce qui suggérerait soit une infection multi-souches, soit l'acquisition de nouvelles souches de M. avium pendant le traitement. De plus, les échantillons environnementaux du domicile des participants (c.-à-d. robinets et biofilms de pommes de douche) seront cultivés pour déterminer si M. avium peut être récupéré et si tel est le cas, il sera analysé avec WGS pour évaluer s'il s'agit de la même souche que dans les crachats du participant.