Déchiffrer l'architecture génétique des maladies auto-immunes

RÉSUMÉ:

Le but de cette proposition est d'étudier les origines génomiques de l'hétérogénéité dans le risque et le phénotype spécifique des maladies auto-immunes, avec un accent particulier sur la compréhension et la lutte contre les disparités de santé de ces maladies. Les maladies auto-immunes, en particulier le lupus érythémateux systémique (LED), se manifestent à un âge plus précoce et ont de pires résultats cliniques chez des individus d'ascendance non européenne. De même, les variantes génétiques immunologiques montrent une évolution différentielle basée sur la pression pathogène géographique; Près de 13% des loci pour le LED, sans compter les antigènes de leucocytes humains (HLA), montrent des signes de sélection naturelle. Par conséquent, l'étude de la génomique de l'auto-immunité dans le monde et dans les populations non européennes est cruciale pour comprendre ces observations.

La prévalence des maladies auto-immunes au Pérou est difficile à estimer, car les diagnostics nécessitent des sérologies qui ne sont pas accessibles, mais on estime qu'il existe une grande proportion de cas non diagnostiqués ou non traités dans le pays. Certaines études menées en Amérique latine et aux États-Unis rapportent que la population de métis présente le LED à un âge plus précoce, avec une implication plus systémique que les populations européennes. Il est nécessaire de reconnaître qu'il existe un écart significatif dans les études génomiques menées dans le domaine des maladies auto-immunes, révélant une sous-représentation grave dans les populations autochtones d'Amérique du Nord et du Sud. En réponse à ce besoin critique, des collaborations ont été établies entre des médecins dans différents domaines du Pérou et de l'Amérique latine pour étudier l'architecture génomique de l'auto-immunité chez les peuples autochtones en Amérique du Sud, effectuant des études génomiques de pointe dans cette population sous-explorée et à haut risque et évaluant les variantes génétiques spécifiques à la population qui peuvent être contraires à l'identification des gènes causaux. y compris le codage ou les changements structurels. Nous proposons de réaliser des études génomiques de pointe dans des populations de différentes zones du Pérou (Amazon, Andes, côte) pour décrire l'architecture génomique dans cette population auparavant non étudiée.

Objectif général:

L'objectif général de ce projet est d'utiliser des stratégies génomiques pour évaluer la base moléculaire des maladies auto-immunes humaines, représentatives des populations péruviennes. La diversification des études génomiques est nécessaire pour atteindre la médecine personnalisée et la collaboration avec les dirigeants communautaires et les chercheurs locaux assureront la participation de la communauté et l'engagement individuel, ainsi que les activités de formation et d'éducation.

Objectifs spécifiques:

Objectif spécifique 1: Identifier les marqueurs génétiques associés au risque génétique de maladies auto-immunes dans la population autochtone du Pérou.

Objectif spécifique 2: Évaluer la multiomique intégrative (génomique, épigénomique et exposome) du contexte environnemental associé à l'auto-immunité au Pérou.

Objectif spécifique 3: caractériser le microbiome chez les patients atteints d'auto-immunité au Pérou.

Point final principal:

Recrutement réussi et séquençage du génome entier d'au moins 20 familles multiplexes avec un fardeau d'auto-immunité familial élevé, permettant une identification et une annotation préliminaire de variantes génétiques rares ou nouvelles potentiellement liées à la susceptibilité des maladies auto-immunes.