Transplantation de microbiote fécal vs traitement standard pour la cholangite récurrente non obstructive (COLANBIOTA)

Hypothèse La FMT reconstitue la biodiversité physiologique du microbiote intestinal en réduisant la colonisation par des bactéries pathogènes capables d'une invasion ascendante des voies biliaires, réduisant ainsi le risque de nouveaux épisodes de cholangite aiguë récurrente (RAC) non obstructive par rapport à la prise en charge conventionnelle (TASC, décontamination intestinale ou traitement individuel des épisodes).

Objectifs Principal Évaluer si le délai jusqu'au prochain épisode de cholangite aiguë est plus long chez les patients atteints de RAC non obstructive traités par FMT par rapport à ceux recevant un traitement conventionnel.

Secondaires

Évaluer et comparer l'efficacité de la FMT pour réduire le nombre de nouveaux épisodes de cholangite aiguë chez les patients atteints de RAC non obstructive par rapport au traitement conventionnel sur 24 mois.

Déterminer si la FMT réduit la colonisation intestinale par des bactéries résistantes présentes lors de l'épisode index de cholangite.

Confirmer la faisabilité et la sécurité de la FMT en utilisant un modèle de donneurs sains de selles et de sang (mis en quarantaine), dont la libération aurait lieu après des résultats négatifs répétés aux tests microbiologiques pour les infections potentiellement transmissibles.

Méthodes Conception : Essai clinique de phase II ouvert, randomisé. Institutions participantes : Multicentrique. Voir section faisabilité/plan de travail. Critères d'inclusion

Patients âgés de ≥18 ans ayant présenté ≥2 épisodes de cholangite aiguë au cours de l'année écoulée.

Critères d'exclusion

• Intolérance orale ou incapacité à avaler des gélules.
• Grossesse ou allaitement.
• Toute maladie cliniquement significative (autre que la RAC) telle qu'une tumeur maligne disséminée ou une défaillance d'organe entraînant une maladie cardiaque, hépatique, pulmonaire ou neurodégénérative pertinente avec une espérance de vie inférieure à un an.

Incapacité à comprendre l'étude, à signer le consentement éclairé et/ou à prélever des échantillons de selles.

- RAC due à la présence de cholédocolithiase (un nombre quelconque de calculs dans les voies biliaires) ou de sténose de la voie biliaire extrahépatique ne pouvant être résolue par un traitement chirurgical ou endoscopique. L'absence de résolution de l'obstruction biliaire extrahépatique est définie comme l'échec de l'élimination de tous les calculs, ou un diamètre résiduel dans les cas de sténose inférieur à 75 % du diamètre de la voie biliaire au-dessus et au-dessous de la sténose, même après dilatation par ballonnet et/ou mise en place d'une endoprothèse biliaire (Annexe I).

Définition de la cholangite (Annexe I).

Intervention Les patients seront randomisés pour recevoir la FMT plus le traitement standard (ST) (groupe intervention) ou le ST seul (groupe témoin).

Dans les deux groupes, le temps écoulé entre la randomisation et le prochain épisode de cholangite aiguë (critère de jugement principal) sera évalué sur une période de suivi de 24 mois.

Si un nouvel épisode de cholangite aiguë survient dans le groupe intervention pendant la période de suivi, un traitement antibiotique empirique et/ou ciblé sera administré à la discrétion de l'équipe médicale, ainsi qu'une deuxième dose de FMT. En cas d'épisode ultérieur (2ème récidive), aucune FMT supplémentaire ne sera administrée et le ST sera poursuivi.

Si un nouvel épisode de cholangite survient chez un patient du groupe témoin, une FMT sera proposée selon les mêmes critères que dans le groupe intervention en cas de deuxième épisode de cholangite après FMT. L'effet de la FMT chez les patients du groupe témoin sera étudié dans une analyse distincte de l'objectif principal. Toute intervention chirurgicale ou endoscopique sur les voies biliaires susceptible de réduire le risque de nouveaux épisodes de cholangite sera prise en compte dans l'analyse.

Description de la FMT

Pour être sélectionnés, les donneurs fourniront un consentement éclairé et seront évalués par le biais d'un historique médical général, d'antécédents digestifs et infectieux spécifiques, d'un historique de voyages à risque et de mode de vie, et d'une évaluation biologique. Ils doivent répondre aux critères suivants :

Selles quotidiennes normales. Aucune utilisation d'antibiotiques au cours des 6 derniers mois. Aucun antécédent de maladie digestive chronique, y compris de maladie inflammatoire de l'intestin. Aucune maladie chronique de quelque type que ce soit, y compris auto-immune, inflammatoire, dégénérative ou néoplasique.

Cliniquement stable.

Pour assurer la sécurité des patients, les recommandations préétablies seront suivies. Les selles et le sang des donneurs seront testés pour les pathogènes conformément aux protocoles locaux et aux directives européennes (31).

Les tests sérologiques incluront les hépatites A, B et C ; le VIH-1 et le VIH-2 ; la syphilis, le CMV, l'EBV, le HTLV-1/2 et la toxoplasmose. L'analyse des selles inclura une culture de selles pour les pathogènes bactériens entériques, des techniques de détection des bactéries multirésistantes, la détection du Norovirus, de l'Adénovirus ou du Rotavirus, du C. difficile, des antigènes parasitaires (Giardia et Cryptosporidium), et une microscopie avec coloration rapide pour les protozoaires à partir de trois échantillons prélevés à des jours alternés, avec un panel étendu pour les patients immunodéprimés (28, 31). Après une série initiale de tests microbiologiques avec des résultats négatifs, les gélules seront stockées. Elles seront libérées pour administration après une période de quarantaine de 3 mois avec de nouveaux résultats microbiologiques négatifs confirmés (29).

Les gélules de FMT seront préparées à partir de 100 g de selles, auxquelles 1/5 de volume de solution saline normale (NaCl 0,9 %) sera ajouté. Après avoir laissé l'échantillon s'hydrater pendant 30 minutes à température ambiante, il sera homogénéisé dans un Stomacher (230 tr/min). Une fois suffisamment homogène, 30 % de glycérol seront ajoutés et les résidus solides seront éliminés par centrifugation douce (400 × g pendant 20 minutes). Une deuxième centrifugation du surnageant sera effectuée à une vitesse plus élevée (1000 × g pendant 30 minutes). Le culot de cette deuxième centrifugation sera congelé à -80°C pendant au moins 1 heure, puis lyophilisé à -50°C pendant 18-20 heures. La poudre résultante sera encapsulée dans des gélules entérosolubles, préparées par lots et stockées à l'abri de l'humidité à 4°C, avec une durée de conservation de 6 mois. Une aliquote de toutes les étapes de traitement sera stockée à -80°C, et la traçabilité de l'échantillon et du donneur sera maintenue dans une base de données REDCap dédiée.

Taille de l'échantillon On suppose que la fonction de survie à 12 mois pour le prochain épisode de cholangite dans le bras ST est de 0,10, et que la fonction de survie dans le groupe FMT est de 0,50. Avec une allocation 1:1, une période de recrutement de 12 mois, un suivi de 24 mois, un alpha de 0,05, une puissance statistique de 80 %, une hypothèse unilatérale, et en utilisant le test de rang de Tarone-Ware, 17 patients par groupe (34 au total) seraient nécessaires. Sous ces hypothèses, 17 événements sont attendus dans le groupe ST et 22 dans le groupe FMT.

Des événements concurrents peuvent survenir pendant le suivi qui empêchent l'observation de l'événement d'intérêt (perte de suivi, décès du patient, ou une intervention chirurgicale ou endoscopique modifiant le risque de RAC). Bien qu'une obstruction ou une sténose non résolue des voies biliaires soit un critère d'exclusion, nous définissons comme événement concurrent toute intervention biliaire pour des complications potentielles non présentes à la randomisation mais pouvant survenir ultérieurement, telle qu'une obstruction d'endoprothèse biliaire (entraînant une sténose estimée dépassant 25 %) due à la formation de calculs. Les événements concurrents seront traités en utilisant la fonction de risque spécifique à la cause (CSH). Cette approche est recommandée pour évaluer les associations dans les études étiologiques, et les événements concurrents sont traités comme des observations censurées. En supposant un taux d'abandon de 20 %, un total de 44 patients sera recruté (22 par bras).

Randomisation Une randomisation 1:1 sera effectuée, stratifiée par centre en utilisant des permutations de blocs variables de 2 et 4. L'attribution sera centralisée et réalisée électroniquement via REDCap.

Suivi clinique Un contact téléphonique direct sera maintenu avec les participants à l'étude en cas de tout incident lié au projet. Si un patient développe des symptômes d'un nouvel épisode de cholangite aiguë, il se présentera aux urgences, où des examens complémentaires jugés nécessaires par l'équipe médicale seront effectués, et une culture de selles sera obtenue pour analyser les causes possibles d'échec de la FMT chez ce participant.

Le protocole de l'étude inclura les visites de suivi à réaliser pendant la période de suivi de 24 mois. Dans les deux groupes, le temps écoulé entre la randomisation et le prochain épisode de cholangite aiguë (critère de jugement principal) sera évalué.

Des échantillons de selles seront collectés chez tous les patients avant la randomisation pour détecter la présence de bactéries résistantes et pour étudier la quantité et la diversité bactériennes. Des échantillons ultérieurs seront collectés à une semaine, un mois et trois mois après la randomisation. La présence de souches résistantes chez le receveur sera étudiée à l'hôpital d'origine en utilisant la culture de selles et des techniques standard pour la détection des entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu, des bacilles à gram négatif producteurs de carbapénémases et des entérocoques résistants à la vancomycine.

Variables de résultat

Critère de jugement principal d'efficacité :

Délai jusqu'au prochain épisode de cholangite à partir de la randomisation du patient. Les patients qui ne présentent pas de cholangite ou d'autres événements concurrents seront censurés à 24 mois du début de l'étude. Les événements concurrents seront traités comme des observations censurées afin d'estimer la fonction de risque spécifique à la cause en utilisant la régression de Cox.

Critères de jugement secondaires d'efficacité :

Nombre d'épisodes de RAC basé sur le diagnostic médical au cours des 24 mois suivants. Les récidives seront diagnostiquées sur la base des symptômes du patient et des résultats des cultures pertinentes. Cette analyse inclura les patients du bras ST qui ont reçu un traitement par FMT suite à un épisode de cholangite.

Proportion de patients sans récidive à 6 mois et taux de récidive annuel (nombre de récidives par patient par an).

Critères de jugement secondaires de sécurité :

Incidence des EA, des EIG, des EA entraînant l'arrêt du traitement ou l'impossibilité de recevoir une deuxième dose de FMT en raison d'une contre-indication à ce moment-là, des EA entraînant l'arrêt de l'étude, et des EA causant le décès du participant.

Évaluation par cultures de selles de l'émergence de bactéries multirésistantes.

Aspects éthiques et réglementaires L'étude sera soumise pour évaluation et approbation par le Comité d'Éthique de la Recherche du centre coordinateur (HUPH), à la fois concernant les donneurs et leur consentement éclairé, ainsi que l'étude elle-même. Un certificat d'adéquation des installations et d'approbation de la gestion sera obtenu pour chaque centre participant, et les investigateurs informeront les comités de leur centre et autres structures selon les procédures locales. Depuis l'approbation du Règlement européen SoHo, la recherche sur la FMT n'est plus considérée comme une recherche sur les médicaments expérimentaux mais comme une recherche impliquant des substances d'origine humaine ; par conséquent, une évaluation et une approbation seront demandées à l'ONT (Comité pour l'Évaluation de l'Innovation avec des Cellules, Tissus et Produits Dérivés Humains), avec notification à l'AEMPS à titre informatif. Conformément aux exigences actuelles pour cette technologie, la conformité sera maintenue avec les réglementations sur les cellules et tissus concernant les donneurs, la traçabilité et la biovigilance, et avec les lignes directrices ICH applicables pour les médicaments concernant la conduite de l'essai (normes BPC) et la surveillance des événements indésirables chez les patients participants. Les données utilisées dans le développement de ce projet seront traitées conformément au RGPD 2016/679 et à la Loi Organique 3/2018 sur la Protection des Données Personnelles. Les principes éthiques de la recherche seront suivis, y compris la Déclaration d'Helsinki mise à jour (2024).

Analyse statistique Les variables démographiques seront décrites en utilisant des fréquences absolues et relatives pour les variables catégorielles, et la moyenne et l'écart-type ou la médiane et les 25e-75e percentiles pour les variables numériques, selon que l'hypothèse de normalité est respectée. Deux populations d'analyse seront définies : la population ITT (analyse en intention de traiter) et la population AT (telle que traitée). La population ITT considérera le bras de traitement attribué aléatoirement et enregistrera le temps jusqu'au prochain épisode de RAC. Dans la population AT, le traitement réellement reçu par le patient sera pris en compte, et les patients du bras ST qui ont reçu une FMT suite à un épisode de cholangite seront considérés comme traités par FMT pour les analyses secondaires. L'analyse principale sera conduite dans la population ITT, avec une analyse secondaire dans la population AT. L'analyse principale estimera la fonction de risque spécifique à la cause en utilisant la régression de Cox dans la population ITT. La taille de l'effet sera évaluée en utilisant le Hazard Ratio (HR) avec son IC à 95 % correspondant, car les coefficients exponentiels mesurent l'association entre le bras randomisé et le taux d'événements. La fonction d'incidence cumulative (CIF) dans chaque bras sera également estimée avec des intervalles de confiance à 95 % correspondants. Le taux de récidive (RRR) pour chaque groupe sera analysé en utilisant la régression de Poisson. Les valeurs de p inférieures à 0,05 seront considérées comme statistiquement significatives.

En complément du protocole, un Plan d'Analyse Statistique (SAP) sera développé détaillant les techniques et méthodes statistiques à utiliser. Le SAP sera développé et finalisé avant le verrouillage de la base de données. Compte tenu de la nature de l'étude, aucune analyse intermédiaire pour l'efficacité, la sécurité ou la futilité n'est considérée comme justifiée. Cependant, le SAP inclura une analyse intermédiaire pour évaluer le nombre d'événements avant la fin du recrutement, afin d'évaluer une éventuelle modification de la taille de l'échantillon.

Le SAP et l'analyse statistique seront conduits au sein de la Plateforme SCReN en utilisant les procédures et logiciels établis par SCReN : SAS version 9 pour Windows ou Stata v.18, s'ils sont réalisés par l'Unité de Biostatistique de l'IIS Puerta de Hierro.

Limitations et difficultés potentielles Bien que l'étude COLANBIOTA inclue un groupe témoin, elle n'utilise pas de conception en double aveugle, ce qui peut représenter une limitation méthodologique et pourrait introduire un biais dans l'évaluation de l'efficacité et de la sécurité du traitement. La décision de ne pas utiliser l'aveugle est basée sur la nature même de la FMT, qui rend difficile la création d'un placebo indiscernable. Pour atténuer ce biais potentiel, des variables objectives seront utilisées (survenue ou non d'un nouvel épisode de cholangite aiguë) avec des critères préétablis. De plus, la décision d'hospitaliser les patients pour une cholangite aiguë sera prise par un personnel indépendant de l'équipe de recherche. Enfin, le protocole garantit que le traitement et le suivi des deux bras sont pré-spécifiés et identiques.

Bien que la taille d'échantillon calculée soit suffisante pour répondre à l'hypothèse, il s'agit d'un petit échantillon qui peut limiter la représentativité de la population, compte tenu de l'hétérogénéité et de la complexité des patients affectés. Une autre limitation théorique pour la généralisabilité des résultats concerne l'impact de différents donneurs dans chaque centre, ainsi que le processus de fabrication utilisé. La standardisation de la sélection des donneurs et de la fabrication selon les critères établis par l'EDQM atténuera ce problème.

Distribution des gélules de FMT Le stockage adéquat des gélules entérosolubles de bactéries lyophilisées à température ambiante facilite leur distribution. La livraison à tout hôpital participant à l'étude sera effectuée dans un délai de 24-48 heures.

Définitions

Cholangite aiguë : inflammation aiguë des voies biliaires. Le patient doit répondre aux critères de Tokyo (27) :

A. Inflammation systémique A-1. Fièvre et/ou frissons A-2. Constations biologiques : preuve d'une réponse inflammatoire B. Cholestase B-1. Ictère B-2. Constations biologiques : tests de la fonction hépatique anormaux C. Constations d'imagerie C-1. Dilatation biliaire C-2. Preuve d'étiologie à l'imagerie (sténose, calcul, endoprothèse, etc.) Cholangite aiguë définie : un critère de A + un de B + un de C Cholangite aiguë suspectée : un critère de A + un de B ou C A-2 : Numération des globules blancs anormale, taux sériques élevés de protéine C-réactive, et autres changements indiquant une inflammation.

B-2 : Taux sériques élevés de l'un des éléments suivants : phosphatase alcaline, GGT, ALP, AST ou ALT.

Fièvre : Température axillaire ou orale ≥ 38°C. Preuve de réponse inflammatoire : numération leucocytaire <4 000/µL ou >10 000/µL, ou protéine C-réactive >1 mg/dL (ou concentration équivalente).

Ictère : Bilirubine totale ≥ 2 mg/dL.

Tests de la fonction hépatique élevés :

Phosphatase alcaline (UI) >1,5 fois la limite supérieure de la normale Gamma-glutamyl transpeptidase (UI) >1,5 fois la limite supérieure de la normale Aspartate aminotransférase (UI) >1,5 fois la limite supérieure de la normale Alanine aminotransférase (UI) >1,5 fois la limite supérieure de la normale

Cholangite aiguë exclue : lorsque les constatations cliniques et les résultats des tests complémentaires peuvent être expliqués par une autre cause, telle qu'une hépatite aiguë, une infection à un autre site, ou une affection clairement distincte de la cholangite aiguë.

Cholangite aiguë récurrente : épisodes récurrents de cholangite aiguë. Pour les besoins de cette étude, les patients ayant présenté deux épisodes ou plus de cholangite aiguë au cours de l'année écoulée sont considérés comme ayant une cholangite aiguë récurrente.

Cholangite aiguë récurrente non obstructive : inclut les patients avec des anastomoses biliodigestives telles qu'une hépatiojéjunostomie. Inclut également les cas où, ayant eu des calculs dans la voie biliaire extrahépatique ou des sténoses, les patients ont subi un traitement chirurgical ou endoscopique (y compris la mise en place d'une endoprothèse biliaire), avec l'ablation documentée de tous les calculs et un diamètre résiduel - dans les cas de sténose - supérieur à 75 % du diamètre de la voie biliaire au-dessus et au-dessous de la sténose, suite à une dilatation par ballonnet avec ou sans implantation de stent.

Cholangite aiguë récurrente obstructive : patients avec obstruction biliaire due à des calculs ou à une sténose bénigne ou maligne chez lesquels le diamètre transversal de la sténose ne dépasse pas 75 % du calibre de la voie biliaire adjacente non affectée.

Bactéries résistantes aux antibiotiques : espèces bactériennes résistantes incluant les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu, les bacilles à gram négatif producteurs de carbapénémases et les entérocoques résistants à la vancomycine.

Antibiothérapie suppressive chronique : administration d'un ou plusieurs antibiotiques oraux de manière continue, alternée, intermittente ou cyclique pour réduire les épisodes de RAC.