Sviluppo di protocolli per la genomica di cellule singole e loro implementazione per la diversità molecolare tra le cellule

Gli investigatori estrarranno singole cellule e analizzeranno la composizione molecolare di singole cellule e masse utilizzando i protocolli più recenti per analisi genomiche di cellule singole e di massa, comprese analisi genetiche, epigenetiche, trascrittomiche e proteomiche utilizzando gli ultimi protocolli disponibili. Di seguito è riportato un ampio elenco di tali protocolli di esempio.

I campioni e la loro caratterizzazione molecolare (inclusi sequenziamento e livelli molecolari) serviranno come base per lo sviluppo di metodi per l'analisi di singole cellule. I metodi sviluppati sono finalizzati all'analisi genomica trascrittomica, epigenetica o proteomica di singole cellule e condividono la stessa struttura: la caratteristica misurata sarà tradotta in una libreria di DNA che rappresenterà la caratteristica mediante un saggio dedicato.

Questa libreria insieme a un'adeguata analisi matematica dei risultati del sequenziamento verrà eseguita per concludere la funzione desiderata. La struttura generale di tali protocolli è descritta nel nostro articolo di revisione (le tecnologie basate sul sequenziamento di cellule singole rivoluzioneranno la scienza dell'intero organismo, E. Shapiro, T. Biezuner e S.Linnarsson, Nature Reviews Genetics 14, 618-630, 2013) che è allegato alla nostra proposta.

Inoltre, i ricercatori utilizzeranno metodi basati sul sequenziamento (esistenti e sviluppati in futuro) per confrontare singole cellule e masse di diversi tessuti e/o diversi punti temporali dello stesso donatore al fine di misurare la diversità genetica, epigenetica, trascrittomica e proteomica .