Protokollutveckling för enkelcellsgenomik och deras implementering för molekylär mångfald mellan celler

Utredarna kommer att extrahera enstaka celler och analysera den molekylära sammansättningen av enstaka celler såväl som bulks med de senaste protokollen för enkelcells- och bulkgenomiska analyser inklusive genetiska, epigenetiska, transkriptomiska och proteomiska analyser med de senaste tillgängliga protokollen. En bred lista över sådana exempelprotokoll listas nedan.

Proverna och deras molekylära karakterisering (inklusive sekvensering & molekylära nivåer) kommer att fungera som grund för utveckling av metoder för encellsanalys. De utvecklade metoderna är inriktade på genomisk transkriptomisk, epigenetisk eller proteomisk analys av enstaka celler och delar samma struktur: den uppmätta funktionen kommer att översättas till ett DNA-bibliotek som kommer att representera funktionen genom en dedikerad analys.

Detta bibliotek tillsammans med korrekt matematisk analys av sekvenseringsresultaten kommer att utföras för att avsluta den önskade funktionen. Den allmänna strukturen för sådana protokoll beskrivs i vårt granskningsdokument (Enkelcellssekvenseringsbaserade teknologier kommer att revolutionera vetenskapen om hela organismer, E. Shapiro, T. Biezuner & S.Linnarsson, Nature Reviews Genetics 14, 618-630, 2013) som bifogas vårt förslag.

Dessutom kommer forskarna att använda sekvenseringsbaserade metoder (befintliga och framtida utvecklade) för att jämföra enskilda celler och bulks från olika vävnader och/eller olika tidpunkter från samma givare för att mäta genetisk, epigenetisk, transkriptomisk och proteomisk mångfald .