横紋筋肉腫患者のバイオマーカー

目的:

• ARMS および ERMS における DNA メチル化のゲノム全体の変化を特定します。
• ARMS および ERMS におけるゲノム全体の DNA コピー数の変化を特定します。
• 統合ゲノム解析により病原性遺伝子と経路を特定します。

概要: ARMS、ERMS、および正常なヒト骨格筋芽細胞のゲノムワイド DNA メチル化解析は、HELP (HpaII 微小フラグメント濃縮によるライゲーション媒介 PCR) アッセイを使用して実施されます。 プロモーター、遺伝子本体、遺伝子間領域における130万個のCpGのメチル化状態が解析される。 並行して遺伝子発現解析を行い、メチル化の変化と相関させて、エピジェネティックな変化によって調節される遺伝子やゲノムの損失または増加によって変化する遺伝子を明らかにします。

異なる患者セットにおいて遺伝的変化とエピジェネティックな変化の両方によって変化する遺伝子は、MIGHT (ヒト組織からのゲノムデータの多次元統合) アルゴリズムによって選択され、ARMS および ERMS の病因に潜在的に関与する新しい遺伝子が明らかになります。 遺伝子オントロジー、経路、DNA モチーフの分析アルゴリズム、およびその他の計算アプローチを使用して、変化の生物学的影響を決定します。 エピジェネティックおよび遺伝的変化の優先セットは、多数の ARMS および ERMS サンプルで重亜硫酸塩 MassArray、FISH、および qRT-PCR によって検証されます。