Biomarkörer hos patienter med rabdomyosarkom

MÅL:

• Bestäm genomomfattande förändringar i DNA-metylering i ARMS och ERMS.
• Bestäm genomomfattande förändringar av DNA-kopiatal i ARMS och ERMS.
• Bestäm patogena gener och vägar genom integrativ genomisk analys.

DISPLAY: Genomomfattande DNA-metyleringsanalys på ARMS, ERMS och normala mänskliga skelettmyoblaster kommer att utföras med hjälp av HELP-analysen (HpaII tiny fragment Enrichment by Ligation-mediated PCR). Metyleringsstatusen för 1,3 miljoner CpG vid promotorer, genkroppar och intergena områden kommer att analyseras. Parallell genuttrycksanalys kommer att göras och korreleras med förändringar i metylering för att avslöja gener som regleras av epigenetiska förändringar och förändras av genomiska förluster eller vinster.

Gener som förändras av både genetiska och epigenetiska förändringar i olika uppsättningar av patienter kommer att väljas ut av algoritmen MIGHT (Multi-dimensional Integration of Genomic data from Human Tissues) för att avslöja nya gener som potentiellt är involverade i patogenesen av ARMS och ERMS. Algoritmer för analys av genontologi, väg- och DNA-motiv och andra beräkningsmetoder kommer att användas för att bestämma de biologiska konsekvenserna av förändringarna. Prioriterad uppsättning epigenetiska och genetiska förändringar kommer att valideras av bisulfit MassArray, FISH och qRT-PCR i ett större antal ARMS- och ERMS-prover.