Biomarkører hos patienter med rhabdomyosarkom

MÅL:

• Bestem genomomfattende ændringer i DNA-methylering i ARMS og ERMS.
• Bestem ændringer i DNA-kopinummeret i hele genomet i ARMS og ERMS.
• Bestem patogene gener og pathways ved integrativ genomisk analyse.

OVERSIGT: Genomomfattende DNA-methyleringsanalyse på ARMS, ERMS og normale humane skeletmyoblaster vil blive udført ved hjælp af HELP (HpaII tiny fragment Enrichment by Ligation-mediated PCR) assay. Methyleringsstatus for 1,3 millioner CpG'er ved promotorer, genlegemer og intergene områder vil blive analyseret. Parallel genekspressionsanalyse vil blive udført og korreleret med ændringer i methylering for at afdække gener reguleret af epigenetiske ændringer og ændret af genomiske tab eller gevinster.

Gener, der er ændret af både genetiske og epigenetiske ændringer i forskellige sæt af patienter, vil blive udvalgt af MIGHT (Multi-dimensional Integration of Genomic data from Human Tissues) algoritmen for at afdække nye gener, der potentielt er involveret i patogenesen af ​​ARMS og ERMS. Genontologi, pathway- og DNA-motivanalysealgoritmer og andre beregningsmæssige tilgange vil blive brugt til at bestemme de biologiske konsekvenser af ændringerne. Prioriterede sæt af epigenetiske og genetiske ændringer vil blive valideret af bisulfit MassArray, FISH og qRT-PCR i et større antal ARMS- og ERMS-prøver.