Biomarcadores em pacientes com rabdomiossarcoma

OBJETIVOS:

• Determine alterações em todo o genoma na metilação do DNA em ARMS e ERMS.
• Determine as alterações do número de cópias de DNA em todo o genoma em ARMS e ERMS.
• Determinar genes e vias patogênicas por análise genômica integrativa.

ESBOÇO: A análise de metilação do DNA em todo o genoma em ARMS, ERMS e mioblastos esqueléticos humanos normais será realizada usando o ensaio HELP (enriquecimento de pequenos fragmentos HpaII por PCR mediada por ligação). O estado de metilação de 1,3 milhão de CpGs em promotores, corpos gênicos e áreas intergênicas será analisado. Análises paralelas de expressão gênica serão feitas e correlacionadas com mudanças na metilação para descobrir genes regulados por alterações epigenéticas e alterados por perdas ou ganhos genômicos.

Genes que são alterados por alterações genéticas e epigenéticas em diferentes conjuntos de pacientes serão selecionados pelo algoritmo MIGHT (Multi-dimensional Integration of Genomic data from Human Tissues) para descobrir novos genes que estão potencialmente envolvidos na patogênese de ARMS e ERMS. Ontologia genética, via, algoritmos de análise de motivos de DNA e outras abordagens computacionais serão usadas para determinar as consequências biológicas das mudanças. O conjunto priorizado de alterações epigenéticas e genéticas será validado por bissulfito MassArray, FISH e qRT-PCR em maior número de amostras de ARMS e ERMS.